化合物侵权时，包含该化合物的药物组合物是否侵权，需根据具体情况判断，核心在于药物组合物是否落入化合物专利的保护范围。以下从不同角度进行分析：

一、若药物组合物落入化合物专利保护范围，则构成侵权

根据专利法的相关规定，专利权的保护范围以权利要求书的内容为准。如果化合物专利的权利要求明确涵盖了该化合物在特定药物组合物中的存在形式或用途，且药物组合物确实包含了该化合物，并按照专利中描述的方式使用，那么该药物组合物就落入了化合物专利的保护范围，从而构成侵权。

举例说明： 假设有一个化合物专利，其权利要求中明确描述了该化合物在制备治疗某种疾病的药物组合物中的用途。如果某药物组合物包含了该化合物，并且也是用于治疗该种疾病，那么该药物组合物就可能落入了该化合物专利的保护范围，构成侵权。

二、若药物组合物未落入化合物专利保护范围，则不构成侵权

如果药物组合物虽然包含了该化合物，但其使用方式、配比、制剂形式等并未落入化合物专利的权利要求范围内，或者该药物组合物具有与专利化合物不同的技术效果或用途，那么该药物组合物就不构成对化合物专利的侵权。

举例说明： 假设有一个化合物专利，其权利要求中描述了该化合物在特定浓度下用于治疗某种疾病。如果某药物组合物虽然包含了该化合物，但浓度与专利描述的不同，或者该药物组合物是用于治疗另一种疾病，那么该药物组合物就可能未落入该化合物专利的保护范围，不构成侵权。

三、特殊情形：药品专利纠纷早期解决机制下的可登记专利类型

在药品专利纠纷早期解决机制下，可登记的专利类型包括药物活性成分化合物专利、含活性成分的药物组合物专利及前两者的医药用途专利。但需要注意的是，以晶体晶胞参数等表征结晶结构的化合物专利、包含该化合物的组合物专利以及前两者的医药用途专利，尚不属于该机制规定的可登记专利类型。这意味着，在涉及此类专利时，需要特别谨慎地判断药物组合物是否构成侵权。

四、法律建议

1. 详细分析专利权利要求：在判断药物组合物是否构成侵权时，应详细分析化合物专利的权利要求，确定其保护范围。
2. 对比药物组合物与专利描述：将药物组合物的成分、使用方式、配比等与专利描述进行对比，判断是否落入专利保护范围。
3. 考虑特殊机制下的规定：如果涉及药品专利纠纷早期解决机制，应特别注意其规定的可登记专利类型，避免误判。
4. 寻求专业法律意见：由于专利侵权判断具有复杂性，建议在实际操作中寻求专业律师的法律意见，以确保判断的准确性。

在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同，因此需要根据具体情况进行判断。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。