劳动能力鉴定申请不通过，费用通常是不会退还的。以下从多个角度为您详细分析：

一、费用性质与用途

劳动能力鉴定费用主要用于组织鉴定工作以及聘请鉴定专家等相关方面的支出。这些费用是保障鉴定工作能够顺利进行的必要成本，一旦鉴定程序启动，这些费用就已经被用于特定的目的，因此一般情况下不会退还。

二、法律角度

从法律角度来看，劳动能力鉴定费用的产生是基于法律规定的鉴定程序和相关规定。一旦程序启动，就意味着相关的工作已经展开，费用也已经发生，不能随意进行退回。这是为了维护鉴定程序的严肃性和公正性，确保劳动者的合法权益能够得到准确的评估和保障。

三、特殊情况处理

当然，也存在一些特殊情况。比如，如果鉴定机构出现违规操作导致鉴定结果无效等情形，经相关部门认定后，可能会根据具体情况协商处理费用事宜。但这种情况是极为有限的，在一般的劳动能力鉴定过程中，费用是不会被退回的。

四、建议与注意事项

1. 了解规定：劳动者在进行劳动能力鉴定之前，最好先了解清楚相关的规定和情况，包括鉴定费用的支付、退还等，以避免不必要的麻烦。
2. 保留凭证：支付鉴定费用时，务必保留好相关的支付凭证，以备不时之需。
3. 咨询专业人士：如果对劳动能力鉴定或费用退还等问题有疑问，可以及时咨询专业律师或相关部门，以获取更准确、更全面的信息。

总结来说，劳动能力鉴定申请不通过，费用通常是不会退还的。这是基于费用性质、法律角度以及维护鉴定程序严肃性和公正性的考虑。当然，在特殊情况下，如鉴定机构违规操作等，可能会根据具体情况协商处理费用事宜。但无论如何，劳动者在进行劳动能力鉴定之前，都应该了解清楚相关的规定和情况，以避免不必要的麻烦。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。