针对1999年以前城镇居民合法取得的自建房，主要存在以下限制和规定：

1. 土地使用权限制
   根据《中华人民共和国土地管理法》（1988年修订版及后续版本），城镇居民使用国有土地自建房屋需依法取得国有土地使用权证。1999年前，若通过划拨方式取得土地（如单位福利分房用地），通常需满足特定条件（如职工身份、单位分配），且不得擅自改变土地用途或转让。若土地来源合法（如通过出让、转让程序），则使用权受法律保护，但需符合规划要求。

2. 规划与建设合规性
   自建房需符合当时有效的城市规划法规。例如，1990年实施的《城市规划法》要求建设前需取得“建设工程规划许可证”，未取得许可或违反规划（如超面积、超层高）的房屋，可能被认定为违法建筑，面临限期拆除或罚款。但若建设时已通过审批，即使后续规划调整，通常不追溯既往合法性。

3. 产权登记与交易限制
   1999年前，部分城镇自建房可能未完成产权登记（如仅有土地证无房产证），此类房屋在交易时可能受限。根据《城市房地产管理法》（1995年实施），未依法登记领取权属证书的房地产不得转让。此外，若房屋位于划拨土地上，转让时需补缴土地出让金或经政府批准。

4. 历史遗留问题处理
   对于1999年前因历史原因未完善手续的自建房（如未取得规划许可但已长期居住），部分地区可能通过“补办手续”“确认产权”等方式解决。例如，2008年《城乡规划法》实施后，各地出台政策对历史违法建筑进行分类处理，但需以地方具体规定为准。

建议：若涉及具体房屋的合法性认定、产权纠纷或拆迁补偿，需结合土地来源、规划审批、产权登记等原始材料综合判断。如有疑问，可直接向我提供更多细节，我将进一步分析。