企业发起招标时，关联方一般不能直接参与签订三方协议，但具体能否参与需视招标文件规定及关联交易管理要求而定。以下从不同角度为您详细分析：

1. 招标文件规定

• 招标文件是招标活动的核心依据，其中会明确规定投标人的资格条件、投标程序、评标标准等。若招标文件明确禁止关联方参与投标或签订三方协议，则关联方不得参与。
• 若招标文件未明确禁止，但规定了关联方需披露关联关系并接受特别审查，则关联方需按要求披露，并等待招标人决定是否允许其参与。

2. 关联交易管理要求

• 根据《招标投标法》及相关规定，招标活动应遵循公平、公正、公开的原则，避免利益冲突和不当竞争。关联方参与招标可能引发利益输送、操纵招标结果等风险，因此需严格管理。
• 若关联方参与招标，需确保招标过程透明，评标标准客观，且关联方未利用其特殊地位影响招标结果。否则，可能面临招标无效、行政处罚等法律后果。

3. 实际操作建议

• 披露关联关系：若关联方有意参与招标，应提前向招标人披露其与招标人的关联关系，并提交相关证明材料。
• 接受特别审查：关联方需接受招标人对其实力、信誉、业绩等方面的特别审查，以证明其具备独立参与招标的能力。
• 遵守招标程序：关联方应严格遵守招标文件规定的投标程序、评标标准等，不得利用关联关系谋取不正当利益。
• 签订三方协议的注意事项：若关联方最终中标并需签订三方协议，应确保协议内容合法合规，明确各方权利义务，避免引发纠纷。

4. 法律后果

• 若关联方未披露关联关系或利用关联关系操纵招标结果，可能面临招标无效、行政处罚、赔偿损失等法律后果。
• 若招标人未对关联方参与招标进行适当管理，导致招标结果不公正，也可能承担相应的法律责任。

总结与建议：

• 企业发起招标时，应明确招标文件中的关联方参与规定，确保招标活动公平、公正、公开。
• 关联方若有意参与招标，应提前披露关联关系，接受特别审查，并严格遵守招标程序。
• 签订三方协议时，应确保协议内容合法合规，明确各方权利义务。

如有具体招标项目或关联方参与情况，可进一步向我咨询，我将根据具体情况提供法律建议。