结论：招标时为两方协议，中标后是否可以签订三方协议，这并非一个绝对禁止或绝对允许的行为，而是需要根据具体情况、协议内容以及相关法律法规的规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 协议变更的合法性：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同（协议）的变更应当遵循当事人意思自治原则，即只要各方当事人协商一致，且变更内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就可以对合同（协议）进行变更。
   • 分析：如果招标时的两方协议中并未明确禁止后续签订三方协议，且中标后各方就签订三方协议达成了一致意见，同时该三方协议的内容不违反法律法规的强制性规定，那么签订三方协议是合法的。

2. 招标投标法的相关规定：

   • 法律依据：虽然《中华人民共和国招标投标法》主要规范的是招标投标活动本身，对于中标后协议的变更并未直接规定，但该法强调了招标投标活动的公平、公正和公开原则，以及诚实信用原则。
   • 分析：如果签订三方协议的行为损害了其他投标人的合法权益，或者违反了招标投标活动的公平、公正和公开原则，那么该行为可能构成违法。例如，如果三方协议中涉及了对原招标条件的实质性变更，且未经过重新招标或公示程序，就可能引发法律纠纷。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 协议内容审查：在签订三方协议前，应仔细审查协议内容，确保各方权利义务明确，且不违反法律法规的强制性规定。
   • 沟通协商：与招标方、中标方以及其他相关方进行充分沟通协商，确保各方对签订三方协议无异议，并达成一致意见。
   • 法律风险评估：在签订三方协议前，建议进行法律风险评估，以评估该行为可能带来的法律风险，并制定相应的风险应对措施。

建议：

• 如果招标时的两方协议中并未明确禁止后续签订三方协议，且各方就签订三方协议达成了一致意见，同时该行为不违反法律法规的强制性规定和招标投标活动的公平、公正和公开原则，那么可以考虑签订三方协议。
• 在签订三方协议前，务必进行充分的沟通协商和法律风险评估，以确保协议的合法性和有效性。

可能后果：

• 如果签订三方协议的行为合法且合规，那么各方应按照协议约定履行各自义务，享受相应权利。
• 如果签订三方协议的行为违法或违规，那么可能面临法律纠纷、行政处罚等不利后果。

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