在建设工程中，约定逾期付款则以建筑抵债的协议是否有效，需分情况讨论，其有效性取决于协议内容是否合法、是否违反法律强制性规定，以及是否为当事人真实意思表示。具体分析如下：

1. 协议内容合法性

• 核心要求：协议内容需符合《民法典》及相关法律法规，不得存在违反法律、行政法规强制性规定的情形。例如，若协议涉及非法处置国有资产、损害社会公共利益或违反公序良俗，则可能被认定为无效。
• 具体表现：在建设工程中，若双方约定的“以建筑抵债”条款未违反法律强制性规定（如未涉及非法转让土地使用权、未损害第三方合法权益等），且协议内容明确、具体，则通常具有合法性。

2. 当事人真实意思表示

• 核心要求：协议需为双方当事人真实意思表示，不存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形。若一方在签订协议时存在重大误解或显失公平，可能影响协议效力。
• 具体表现：在建设工程中，若双方在平等、自愿的基础上协商一致，且均明确知晓“以建筑抵债”的法律后果，则协议通常视为真实意思表示。

3. 处分权与善意第三人利益

• 核心要求：签订协议的一方需具备处分房产的所有权或处分权，且协议不得损害善意第三人或其他合法利益。
• 具体表现：在建设工程中，若建筑所有权归属明确（如发包方或承包方拥有合法产权），且协议未涉及第三方权益（如未设定抵押、未被查封等），则通常满足处分权要求。若协议损害第三方利益（如未通知抵押权人），则可能被认定为无效。

4. 风险提示与法律依据

• 风险提示：根据《民法典》第一百四十三条，民事法律行为有效需满足：行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规强制性规定且不违背公序良俗。若协议存在上述瑕疵，可能被认定为无效或可撤销。
• 法律依据：
  • 《民法典》第一百四十三条：民事法律行为有效的条件。
  • 《民法典》第四百六十五条：依法成立的合同，受法律保护。

5. 实务建议

• 明确协议条款：在签订“以建筑抵债”协议时，需明确抵债建筑的具体信息（如位置、面积、产权状况等）、抵债金额、履行期限及违约责任等，避免条款模糊导致争议。
• 办理产权变更：若协议生效，需及时办理建筑产权变更登记手续，确保物权变动合法有效。
• 咨询专业律师：在签订协议前，建议咨询专业律师，对协议内容进行合法性审查，规避法律风险。

结论：建设工程中约定逾期付款则以建筑抵债的协议，若满足内容合法、真实意思表示、具备处分权且不损害第三方利益等条件，则通常有效。但具体效力需结合协议条款及实际情况综合判断。如有疑问，可直接向我咨询。