协议条款中写明如果后续就协议内容追溯要退回补偿款50%是否合理，需分情况讨论：

1. 从合同自由原则角度：

   • 合同是双方意思表示一致的产物，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，双方就有权自由约定合同条款。因此，如果双方在平等、自愿的基础上，就退回补偿款50%的条款达成了一致，那么该条款在形式上是合理的。

2. 从公平原则角度：

   • 公平原则要求合同双方的权利和义务应当对等，不得显失公平。如果退回补偿款50%的条款导致一方承担过重的义务，而另一方享受过度的权利，那么该条款可能因违反公平原则而被认定为无效或可撤销。例如，如果补偿款本身是基于一方已经履行的义务或遭受的损失而给予的，那么要求全额或大部分退回可能显得不公平。

3. 从合同目的和履行情况角度：

   • 合同的目的是双方通过履行合同来实现各自的经济利益或其他目标。如果退回补偿款50%的条款与合同目的相悖，或者导致合同无法正常履行，那么该条款可能不合理。例如，如果补偿款是为了弥补一方因合同履行而遭受的损失，那么要求退回可能阻碍合同目的的实现。
   • 同时，还需要考虑合同的履行情况。如果一方已经按照合同约定履行了大部分或全部义务，而另一方却以追溯协议内容为由要求退回补偿款50%，那么这种要求可能缺乏合理性。

4. 从法律规定角度：

   • 虽然合同自由原则允许双方自由约定合同条款，但这种自由并不是无限制的。如果退回补偿款50%的条款违反了法律、行政法规的强制性规定，或者损害了国家、集体或第三人的利益，那么该条款将被认定为无效。

建议：

• 在签订合同时，双方应充分协商，确保合同条款的公平性和合理性。
• 如果对合同条款存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
• 在合同履行过程中，双方应遵守合同约定，按照诚实信用原则履行各自的义务。

如果有任何具体的合同纠纷问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。