公司与公司合作时，是否签订保密协议由双方自行协商确定，法律没有强制性规定，但建议根据合作内容和商业秘密的重要性来决定是否签订。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律原则与规定
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。这意味着，合作双方是否签订保密协议，完全取决于双方的自愿和协商结果，法律并未对此作出强制性规定。然而，民法典也明确规定了当事人在订立合同过程中知悉的商业秘密或其他应当保密的信息，无论合同是否成立，都不得泄露或不正当使用，否则应承担赔偿责任。这一规定实际上为保密协议的签订提供了法律基础，即如果合作涉及商业秘密，双方有义务采取保密措施。
二、签订保密协议的必要性
保护商业秘密：如果合作过程中涉及双方的商业秘密，如技术秘密、客户信息、经营策略等，签订保密协议可以明确双方的保密义务，防止商业秘密泄露给第三方，从而保护双方的合法权益。
明确责任与义务：保密协议可以详细规定双方在合作过程中应如何保密、保密信息的范围、保密期限以及违约责任等，使双方在合作中有明确的责任与义务可循。
增强合作信任：签订保密协议可以体现双方对合作的重视和对彼此商业秘密的尊重，有助于增强合作双方的信任，促进合作的顺利进行。
三、不签订保密协议的风险
商业秘密泄露风险：如果没有签订保密协议，一旦合作过程中的商业秘密泄露给第三方，可能导致双方遭受经济损失，甚至影响合作的继续进行。
维权困难：在没有保密协议的情况下，如果一方泄露了另一方的商业秘密，受害方可能难以证明泄露行为的存在以及泄露行为与损失之间的因果关系，从而增加维权的难度。
影响合作关系：商业秘密的泄露可能破坏双方之间的信任关系，导致合作关系的紧张甚至破裂。
四、建议与措施
评估合作内容：在决定是否签订保密协议前，双方应评估合作内容是否涉及商业秘密以及商业秘密的重要性。如果涉及重要商业秘密，建议签订保密协议。
明确保密条款：如果决定签订保密协议，双方应明确保密条款的内容，包括保密信息的范围、保密期限、保密义务以及违约责任等。
加强保密管理：除了签订保密协议外，双方还应加强保密管理，如限制访问保密信息的人员范围、采取技术措施保护保密信息等。
作为专注于公司事务和股权转让领域的律师，我建议您在与其他公司合作时，根据合作内容和商业秘密的重要性来决定是否签订保密协议。如果您有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。