学校变更工程款合同，仅总务主任签字一般是无效的。以下从不同角度为您详细分析：

一、合同变更的法定要求

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同变更应当遵循双方协商一致的原则，并且通常需要具备法定形式要件，如书面形式等。在建设工程合同中，由于涉及金额较大、工程复杂，合同变更往往需要更加严格的程序和形式。总务主任作为学校的一个部门负责人，其职责范围通常不包括代表学校对外签订或变更具有重大经济意义的合同，除非学校有明确的授权。

二、总务主任签字的法律效力

1. 无明确授权时：如果总务主任没有获得学校的明确授权来变更工程款合同，那么其签字在法律上可能被视为无效。因为，根据法律规定，行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，未经被代理人追认的，对被代理人不发生效力。

2. 有明确授权时：如果学校确实授权总务主任代表学校变更工程款合同，并且该授权是明确、具体的，那么总务主任的签字在法律上可能是有效的。但这种情况下，学校通常需要出具书面的授权委托书，明确总务主任的代理权限和范围。

三、实际操作中的建议

1. 核实授权情况：在面对总务主任签字的合同变更时，首先要核实其是否获得了学校的明确授权。这可以通过查看学校的授权委托书、会议纪要等相关文件来确认。

2. 要求书面确认：即使总务主任声称获得了授权，也建议要求学校出具书面的确认文件，以明确合同变更的内容和双方的权利义务。

3. 咨询专业律师：如果合同变更涉及金额较大或法律关系复杂，建议咨询专业律师进行法律风险评估和合同审查。

四、可能的法律后果

如果总务主任未经授权擅自变更工程款合同，并且该变更未得到学校的追认，那么该变更在法律上可能是无效的。这可能导致合同双方产生纠纷，甚至引发诉讼。在这种情况下，学校可能需要承担因合同无效而产生的法律责任，如赔偿对方因此遭受的损失等。

总结与建议：学校变更工程款合同仅总务主任签字一般是无效的，除非其获得了学校的明确授权。在实际操作中，建议核实授权情况、要求书面确认，并在必要时咨询专业律师。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。