关于“工程签证单常务副总签字是否有效”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
核心结论
工程签证单上常务副总的签字是否有效，主要取决于其是否有明确的授权以及签证内容是否涉及合同实质性内容的变更。一般情况下，除非有特别授权，否则常务副总的签字可能不具有法律效力。
分析说明
签字效力与授权关系：
- 根据相关法律规定及司法实践，一般情况下，法定代表人、发包人代表、承包人项目经理在签证上的签字确认具有法律效力。其他人员，如常务副总，除非有明确的授权，否则其签字确认的签证不具有法律效力。这是因为，在建设工程合同中，对于签证的签字确认通常会有明确的权限要求，以确保签证的有效性和合法性。
签证内容的影响：
- 签证是发承包双方就合同履行过程中就工程量、工期、工程款等内容的变更所做的签认证明，性质上属于补充协议。如果签证内容构成对中标合同实质性内容的变更（如工期、工程价款、工程项目性质等），则可能需要按照更严格的程序进行确认，如需要法定代表人或特别授权的人员签字确认。
程序性瑕疵的影响：
- 如果合同中明确约定了签证事项的提出时间、审批程序、答复时间等，而因管理粗放、操作不规范导致不符合合同约定，这可能会构成签证的程序性瑕疵。程序性瑕疵对签证效力的影响应遵循约定优先、无约定遵循法定的原则。即如果合同中有明确约定，则按照约定处理；如果没有约定，则按照相关法律规定处理。
特殊情况
- 如果常务副总在合同中或在实际履行过程中被明确授权可以代表公司签署工程签证单，那么其签字就是有效的。
- 如果签证内容仅涉及技术性问题（如工程量、工期、质量等），且合同中有约定监理工程师可以代表建设单位进行签字确认，那么监理工程师的签字也具有法律效力。但需要注意的是，这通常仅限于技术签证，对于经济签证（如工程价款的数额及支付等经济问题），监理工程师的签字可能不具有法律效力。
法律建议
- 在签署工程签证单时，应确保签字人员具有合法的授权，以避免因签字无效而引发的法律纠纷。
- 如果对签证的签字效力存在疑问，建议及时咨询专业律师，以确保自身权益得到保障。
综上所述，工程签证单上常务副总的签字是否有效，需要根据具体情况进行判断。在签署前，应仔细审查签字人员的授权情况以及签证内容是否涉及合同实质性内容的变更，以确保签证的有效性和合法性。