针对您提出的“非国家工作人员收回扣的钱已被公司拿去现在怎么办”的问题，以下是我的分析和建议：
一、法律定性
首先，我们需要明确非国家工作人员收回扣的行为性质。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非国家工作人员利用职务上的便利，索取他人财物或者非法收受他人财物，为他人谋取利益，数额较大的，构成非国家工作人员受贿罪。因此，收回扣的行为本身可能涉及刑事犯罪。
二、公司拿走回扣款项的法律后果
公司可能构成共同犯罪：
- 如果公司明知员工收回扣而予以接受或协助处理，公司可能构成非国家工作人员受贿罪的共同犯罪。这取决于公司是否知情、是否参与以及参与的程度。
公司可能面临行政处罚：
- 即使公司不构成共同犯罪，如果公司未能有效防止员工收回扣的行为，可能面临相关行政部门的处罚，如罚款、吊销营业执照等，具体取决于行业规定和监管要求。
员工个人责任：
- 无论公司如何处理回扣款项，收回扣的员工个人都将承担法律责任，包括可能的刑事处罚和民事赔偿。
三、应对策略
立即停止违法行为：
- 如果您或您认识的人涉及此类行为，应立即停止，并主动向公司或相关部门说明情况，争取从轻处理。
与公司协商：
- 尝试与公司进行沟通，了解公司为何拿走回扣款项，以及公司对此事的看法和处理意愿。在协商过程中，保持冷静和理性，寻求双方都能接受的解决方案。
寻求法律帮助：
- 如果公司拒绝沟通或处理方式不当，您可以考虑寻求法律帮助。作为专业律师，我可以为您提供法律咨询和代理服务，帮助您维护合法权益。
- 在寻求法律帮助时，请准备好相关证据，如回扣款项的转账记录、聊天记录、证人证言等，以便更好地证明您的主张。
配合调查：
- 如果相关部门对此事展开调查，您应积极配合，如实陈述事实，提供相关证据。配合调查有助于查明真相，减轻或免除您的法律责任。
四、风险提示
- 刑事责任风险：收回扣的行为可能涉及刑事犯罪，一旦查实，将面临严厉的刑事处罚。
- 民事赔偿风险：除了刑事责任外，您还可能面临民事赔偿的风险，需要赔偿因您的行为给公司或他人造成的损失。
- 职业声誉风险：此类行为将严重影响您的职业声誉和未来发展，可能导致您在行业内难以立足。
最后，我建议您尽快采取行动，咨询专业律师（即我本人）以获取更具体的法律建议和帮助。在处理此类问题时，务必保持谨慎和理性，避免因一时冲动而加重法律后果。如果您有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。