员工依法享有对公司程序合法性的质疑权，这不构成违法质疑，但需通过正当途径表达。针对员工质疑公司程序合法性的问题，可以从以下几个角度进行分析和解答：

一、员工质疑的合法性

根据《劳动法》及《劳动合同法》的相关规定，公司制定的程序或制度必须合法合规，不得侵犯员工的合法权益。员工作为公司的一员，有权对公司制定的程序或制度进行合法性审查。这种质疑是合法的，也是员工维护自身权益的一种方式。

二、质疑的正当途径

虽然员工有权质疑公司程序的合法性，但必须通过正当途径来表达。这包括：

1. 与公司内部沟通：员工可以先尝试与公司内部的相关部门或负责人进行沟通，表达对公司程序合法性的质疑，并寻求解决方案。
2. 提出书面异议：如果内部沟通无果，员工可以以书面形式向公司提出异议，详细说明质疑的理由和依据。
3. 寻求法律援助：在质疑过程中，如果员工认为自己的权益受到了侵害，可以寻求法律援助，包括咨询专业律师或向劳动监察部门投诉。

三、质疑可能引发的法律后果

1. 公司程序合法：如果经过审查，公司程序被认定为合法，那么员工的质疑将不会产生任何法律后果。但员工应尊重公司的决定，并继续履行自己的工作职责。
2. 公司程序违法：如果公司程序被认定为违法，那么公司可能需要承担相应的法律责任，包括修改程序、赔偿员工损失等。同时，员工也有权要求公司纠正违法行为，并维护自己的合法权益。

四、具体操作建议

1. 收集证据：在质疑公司程序合法性之前，员工应尽可能收集相关证据，包括公司程序的文件、通知、邮件等，以及自己因此受到的损失或影响的证明。
2. 保持冷静和理性：在质疑过程中，员工应保持冷静和理性，避免情绪化或过激的行为。通过合法途径表达自己的诉求，是维护自身权益的有效方式。
3. 寻求专业支持：如果员工在质疑过程中遇到困难或不确定如何操作，可以寻求专业律师或法律机构的支持。他们可以提供专业的法律意见和帮助，确保员工的质疑得到妥善处理。

举例说明：假设某公司制定了一项关于加班的程序，要求员工在未经同意的情况下必须加班。员工认为这项程序违反了《劳动法》中关于加班的规定，因此提出了质疑。在这种情况下，员工可以先与公司内部沟通，表达自己的质疑和依据。如果公司不予理会或拒绝修改程序，员工可以向劳动监察部门投诉，并寻求法律援助来维护自己的权益。

总之，员工在质疑公司程序合法性时，应依法行使自己的权利，并通过正当途径来表达。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。