员工被公司问责罚款是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下不合法，但在特定条件下可能合法。以下从不同角度为您详细分析：
一、一般情况下的不合法性
法律依据缺失：
- 自《企业职工奖惩条例》废止后，我国法律未再明确赋予用人单位对劳动者进行罚款的权力。因此，除非有特别规定，否则公司对员工罚款通常被视为不合法。
公司规章制度要求：
- 根据《劳动合同法》，公司在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。若公司未经此民主程序制定包含罚款内容的规章制度，则该规章制度不合法，依据其进行的罚款也不合法。
- 即使规章制度经过了民主程序，若其中罚款规定违反法律、法规强制性规定（如罚款数额过高，严重影响员工基本生活），也是无效的。
二、特殊情况下的合法性
- 赔偿经济损失：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，若劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同约定要求其赔偿经济损失。此时，可从劳动者工资中扣除赔偿金额，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 这种情况下的扣除工资是基于员工对单位造成的实际损失而承担的赔偿责任，与一般的罚款性质不同，且有明确的扣除比例和底线限制。例如，若员工因疏忽导致公司财产损失1000元，且劳动合同中有相关约定，公司可从员工当月工资中扣除最多200元作为赔偿（假设员工当月工资为1000元以上），但扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
三、员工权益保护
- 若员工认为公司罚款行为不合法，首先可与公司协商解决；协商不成时，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，员工应提供相关证据，如罚款通知、工资条、劳动合同等，以证明公司的罚款行为不合法或不合理。
四、建议与注意事项
完善规章制度：公司应建立完善的规章制度，明确可罚款的情形、标准和程序，并确保规章制度不违反法律法规的强制性规定。同时，规章制度应经过民主程序制定并公示告知员工，以确保其合法性和有效性。
加强沟通与培训：公司应加强与员工之间的沟通和交流，确保员工了解公司的规章制度和罚款政策。同时，定期对员工进行培训和教育，提高员工的法律意识和合规意识，减少因误解或疏忽而导致的罚款情况。
合理行使权利：公司在行使罚款权利时，应充分考虑员工的实际情况和过错程度，避免过度处罚或滥用罚款权利。罚款应作为一种教育手段而非盈利手段，旨在促进员工遵守规章制度和提高工作效率。
总结：员工被公司问责罚款的合法性需根据具体情况判断。在大多数情况下，由于法律未赋予公司罚款权力，且公司规章制度制定程序和内容需严格遵守法律规定，因此罚款行为往往被视为不合法。然而，在特定情况下（如员工因个人原因给公司造成经济损失），公司有权要求员工赔偿损失，并从其工资中合理扣除。员工在面对公司罚款时，应了解自己的合法权益，并采取适当措施进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。