机关单位自行制定的劳动合同，在符合法定条件的情况下是有效的。以下是对这一问题的详细分析：
一、劳动合同有效的法定条件
内容合法性：
- 劳动合同必须包含《中华人民共和国劳动合同法》规定的必备条款，如用人单位和劳动者的基本信息、劳动合同期限、工作内容和工作地点、工作时间和休息休假、劳动报酬、社会保险、劳动保护、劳动条件和职业危害防护等。
- 各项条款不得违反法律法规的强制性规定，例如劳动报酬不得低于当地最低工资标准，工作时间不得超过法定上限等。
协商一致：
- 劳动合同应是用人单位与劳动者双方协商一致的结果，任何单方面强制签订的行为都是违法的。
- 双方应在劳动合同文本上签字或盖章，以确认合同的生效。
格式条款公平性：
- 如果劳动合同中包含格式条款，这些条款应遵循公平原则，不得免除用人单位的法定责任、加重劳动者的责任或排除劳动者的主要权利。
订立原则：
- 劳动合同订立应遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则，确保合同内容的合法性与公正性。
二、劳动合同无效的情形
根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条，下列劳动合同无效或者部分无效：
- 以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的；
- 用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的；
- 违反法律、行政法规强制性规定的。
三、对机关单位的特别提示
- 严格遵守法律法规：机关单位作为用人单位，在拟定劳动合同时，必须严格遵守国家法律法规，确保合同内容的合法性和合规性。
- 保障劳动者权益：机关单位应尊重劳动者的合法权益，不得在劳动合同中设置不公平、不合理的条款，损害劳动者的利益。
- 完善合同管理：机关单位应建立健全劳动合同管理制度，确保劳动合同的签订、履行、变更和解除等各个环节都符合法律法规的要求。
四、建议与指导
- 机关单位在拟定劳动合同时，应仔细审查合同条款，确保其符合法律法规的要求，避免法律风险。可以寻求专业法律人士的帮助，以确保合同的合法性和有效性。
- 劳动者在签订劳动合同前，应认真阅读合同条款，了解自己的权利和义务。如有疑虑或发现合同条款存在不合法、不公平的情况，应及时向机关单位提出并协商解决。
- 双方应共同遵守劳动合同的约定，维护和谐稳定的劳动关系。在履行合同过程中，如发生争议或纠纷，应通过合法途径解决，如协商、调解、仲裁或诉讼等。
综上所述，机关单位自行制定的劳动合同在符合法定条件的情况下是有效的。机关单位和劳动者应共同努力，确保劳动合同的合法性与有效性，以保障双方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。