关于工资发放和申报不一致是否会被发现的问题，结论是存在被发现的可能性，且一旦发现可能引发一系列法律后果。以下从不同角度为您详细分析：
一、发现途径与可能性
税务部门核查：
- 税务部门在核查企业税务情况时，会对比企业的工资发放记录与申报的个税情况。如果两者不一致，税务部门很容易发现这一异常。
- 税务部门还可能通过与其他部门（如社保部门）的数据共享，进一步核实企业的工资发放情况。
员工举报：
- 如果员工发现自己的工资发放与申报不一致，可能会向相关部门（如劳动监察部门、税务部门）进行举报。
- 员工举报是发现工资发放与申报不一致的重要途径之一，尤其是当员工认为自己的权益受到侵害时。
内部审计或外部审计：
- 企业进行内部审计或接受外部审计时，审计人员会对企业的财务记录进行详细审查，包括工资发放记录与申报情况。
- 如果审计人员发现工资发放与申报不一致，会将其作为审计问题提出，并要求企业进行整改。
二、法律后果与风险
税务处罚：
- 如果企业故意隐瞒或虚报工资发放情况，以逃避个税缴纳义务，税务部门将对企业进行税务处罚，包括补缴税款、加收滞纳金以及罚款等。
- 税务处罚不仅会给企业带来经济损失，还会影响企业的信誉和形象。
劳动纠纷：
- 工资发放与申报不一致可能引发劳动纠纷。员工可能认为企业未按时足额支付工资，从而向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
- 劳动纠纷的处理过程可能耗时耗力，给企业带来不必要的麻烦和损失。
法律责任：
- 如果企业故意隐瞒或虚报工资发放情况，情节严重的，可能构成逃税罪等刑事犯罪，企业及相关责任人员将承担刑事责任。
- 刑事责任不仅会给企业带来严重的经济损失，还会影响企业的生存和发展。
三、建议与措施
加强内部管理：
- 企业应建立健全的工资管理制度，确保工资发放记录与申报情况一致。
- 定期对工资发放记录进行自查和整改，及时发现并纠正问题。
提高法律意识：
- 企业应加强对相关法律法规的学习和了解，提高法律意识。
- 确保企业的工资发放和申报行为符合法律法规的要求，避免违法风险。
积极应对核查与举报：
- 如果企业接到税务部门或其他相关部门的核查通知或员工举报，应积极配合调查工作。
- 如实提供相关资料和证据，积极整改存在的问题，避免事态扩大和恶化。
如果您在工资发放和申报方面遇到任何问题或疑虑，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和解决方案。