针对您提出的“安全帽不带但证件齐全被扣车是否违法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，我们需要明确的是，安全帽（在摩托车驾驶中通常指的是安全头盔）的佩戴是法律规定的义务。根据《中华人民共和国道路交通安全法》第五十一条的规定：“机动车行驶时，驾驶人、乘坐人员应当按规定使用安全带，摩托车驾驶人及乘坐人员应当按规定戴安全头盔。”这一条款明确指出了摩托车驾驶人及乘坐人员必须佩戴安全头盔，这是为了保障驾驶人和乘坐人员的生命安全，减少在交通事故中因头部受伤而导致的严重后果。

接下来，我们分析证件齐全但未佩戴安全头盔的情况。虽然您的证件可能齐全，但未佩戴安全头盔本身已经构成了违法行为。交通管理部门在执法过程中，有权对违反交通法规的行为进行纠正和处罚，包括扣留车辆。扣留车辆的目的通常是为了确保违法者接受相应的处罚和教育，以及防止其继续违法行驶，从而保障道路交通安全。

再进一步，我们探讨扣车行为的合法性。交通管理部门扣留车辆的行为，是基于其执法权力和对交通法规的执行。在您未佩戴安全头盔的情况下，交通管理部门有权根据相关法律法规对您进行处罚，并可能采取扣留车辆的措施。这种扣车行为在法律上是合法的，只要它是按照法定程序进行的。

最后，我们给出建议。为了避免类似的违法行为和不必要的麻烦，建议您在驾驶摩托车时务必佩戴好安全头盔，并确保所有证件齐全有效。这样不仅可以保障您的生命安全，还可以避免因违法行为而受到的处罚。

综上所述，安全帽（安全头盔）不带但证件齐全被扣车，在法律上是合法的。因为未佩戴安全头盔本身已经违反了交通法规，交通管理部门有权对此进行处罚，并可能采取扣留车辆的措施。希望这个解答能够对您有所帮助。