在法院已经判决确认拆迁协议合法的情况下，一般而言，不能直接以未进行评估为由起诉要求撤销或否定该协议，但具体是否可以起诉需结合实际情况判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、拆迁协议合法性的基础
拆迁协议的合法性通常基于双方自愿、平等协商，并符合相关法律法规的规定。如果法院已经判决确认拆迁协议合法，这意味着从法律程序上，该协议已经被认定为有效，且双方的权利义务已经明确。
二、未评估是否构成起诉理由
评估并非拆迁协议的必备要件：
- 在拆迁过程中，评估通常是为了确定被拆迁房屋的价值，以便合理补偿。然而，评估并非拆迁协议生效的必备条件。如果双方已经就补偿事宜达成一致，并签订了拆迁协议，即使未进行评估，该协议也可能被认定为有效。
起诉未评估需满足特定条件：
- 如果您认为未进行评估导致补偿不公，或者拆迁方存在欺诈、胁迫等行为，您可以考虑起诉。但此时，您的起诉理由并非单纯是“未评估”，而是基于评估缺失导致的补偿不公或拆迁方的不当行为。
- 您需要提供充分的证据证明拆迁方未进行评估且该行为对您造成了损害，或者拆迁方存在其他违法行为。
三、可能的法律后果与建议
法律后果：
- 如果您以未评估为由起诉，而法院认为评估并非拆迁协议的必备要件，且您未能提供充分证据证明拆迁方存在违法行为，那么您的起诉可能会被驳回。
- 如果您能提供充分证据证明拆迁方未进行评估且该行为导致您补偿不公，或者拆迁方存在欺诈、胁迫等行为，那么法院可能会支持您的诉求，但具体结果仍需根据案件事实和法律规定来判断。
建议：
- 收集证据：如果您认为未进行评估导致您权益受损，首先应收集相关证据，如拆迁协议、补偿标准、周边房屋市场价格等。
- 咨询专业律师：在起诉前，建议您咨询专业律师，了解您的权益和可能的诉讼风险。律师可以根据您的具体情况，为您提供更详细的法律建议和诉讼策略。
- 考虑其他途径：如果起诉难度较大或风险较高，您可以考虑通过协商、调解等其他途径解决纠纷。这些途径可能更加灵活、高效，且有助于维护双方的关系。
最后需要强调的是，每个案件的具体情况都有所不同，法律适用也可能因地区、时间等因素而有所差异。因此，在处理此类问题时，建议您直接向我咨询，以便获得更具体、更准确的法律建议。