针对您提出的“刑事案件中污水事件明知故犯应如何处理”的问题，我将结合相关法律法规和实际案例，为您详细解答。
首先，需要明确的是，在刑事案件中，如果行为人明知自己的行为会造成环境污染，尤其是污水排放等严重后果，却仍然故意实施，那么这种行为将构成污染环境罪。根据我国《刑法》的相关规定，污染环境罪是指违反国家规定，排放、倾倒或者处置有放射性的废物、含传染病病原体的废物、有毒物质或者其他有害物质，严重污染环境的行为。对于此类犯罪，法律将给予严厉的刑事处罚。
在您提到的案例中，犯罪嫌疑人金某明知酸洗加工会产生大量废水，且这些废水含有有害物质，却仍然通过暗管直接排放至河流中，导致河水受到严重污染。这种行为明显构成了污染环境罪。同时，为金某提供经营场所的建材公司，在明知承租人从事酸洗加工具有污染环境后果的情况下，仍然出租经营场所，也具备了主观故意为犯罪行为提供方便的条件，因此应当承担连带责任。
对于此类明知故犯的污染环境行为，处理方式通常包括以下几个方面：
刑事处罚：犯罪嫌疑人将面临有期徒刑、拘役或罚金等刑事处罚。具体处罚力度将根据犯罪情节的严重程度、造成的后果以及犯罪嫌疑人的主观恶性等因素进行综合判断。
民事赔偿：除了刑事处罚外，犯罪嫌疑人还需要承担对生态环境造成的损害修复和赔偿责任。这包括赔偿因污染环境而造成的直接经济损失、环境修复费用以及可能产生的其他间接损失。在案例中，犯罪嫌疑人及涉案公司已及时缴清了协议约定的赔偿金。
连带责任：对于为污染环境犯罪提供帮助或便利的公民、法人和其他组织，如出租经营场所、提供经营资质等，法律将规定其承担连带责任。这意味着，这些组织或个人也需要对污染环境造成的后果承担一定的赔偿责任。
警示教育：此类案件的处理不仅是对犯罪嫌疑人的惩罚，更是对社会公众的警示教育。通过公开审理和宣传报道，可以增强公众对环境保护法律法规的认识和遵守意识，促进全社会共同参与环境保护工作。
综上所述，对于刑事案件中污水事件明知故犯的行为，法律将给予严厉的刑事处罚和民事赔偿要求，同时追究相关帮助者的连带责任。这体现了我国法律对环境保护的高度重视和严格执法态度。希望我的解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。