非吸案中，总部立案抓人后，分公司确实存在被查的可能性，但具体是否会被查及后续处理需视情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律理论层面
从法律理论上讲，总公司和分公司在性质上是一致的。如果总公司涉嫌非法吸收公众存款（非吸）等犯罪行为，那么这种犯罪属性很可能也会套用到分公司身上。因为分公司作为总公司的分支机构，其业务活动往往受到总公司的控制和指导，在涉及非法集资等犯罪活动时，分公司很难完全置身事外。
二、实际操作层面
分案处理情况：
- 在实践中，总公司和分公司往往会分案处理。这背后的逻辑主要是管辖地不一致。由于总公司和分公司可能位于不同的地区，甚至跨省，因此各地侦查力量有限，要跨省合并案件需要上报公安部开指定管辖函，手续极其繁琐。因此，为了办案效率，通常会采取总分公司分案处理的办法。
- 分案处理可能带来一个问题：在分公司层级中，某些业务员或管理人员可能因分公司规模较小、人员不多而显得职位较大，但实际上在总公司案件中可能只是个小角色。这可能导致分公司相关人员受到过重的打击。
分公司被查的可能性：
- 既然总公司和分公司在法律性质上是一致的，且分公司可能参与总公司的非法集资活动，那么分公司被查的可能性是存在的。尤其是当总部已经立案抓人，表明案件已经进入刑事侦查阶段，此时侦查机关很可能会对与总部有关联的分公司进行调查。
- 但具体是否会被查，还取决于分公司是否确实参与了非法集资活动，以及是否有足够的证据证明其参与。如果分公司没有参与或证据不足，那么被查的可能性就会降低。
三、分公司相关人员的责任
业务员的处境：
- 业务员在整个公司中负责开展核心业务，很难从整体犯罪中剥离出去。尤其是那些刚入职不久、业绩突出的业务员，更可能被视为参与了非法集资活动。
- 但如果业务员确实不知情或被领导忽悠，那么其责任可能会相对较轻。此外，最高检也提出了“分层次处理”的理论，这可能会成为辩护的一个突破口。
辩护要点：
- 对于分公司相关人员来说，辩护时主要围绕非吸罪的四个要件（非审批性、公开性、高额返息性、宣传性）展开。
- 还有一个隐蔽的辩点就是数额审计。由于业绩计算方式口径不一致，导致审计口径也不一致，很多审计都会存在问题。此外，基于亲戚、朋友、熟人关系的投资以及公司老板强硬要求个人投资的部分，都应该特别区分并剔除。数额的减少会对量刑产生极大的影响。
四、建议与风险提示
配合调查：
- 如果分公司确实被查，相关人员应积极配合调查，如实陈述事实，避免隐瞒或谎报。
寻求法律帮助：
- 在面对刑事调查时，建议及时寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
风险提示：
- 非法吸收公众存款是一种严重的犯罪行为，不仅会对个人造成法律后果，还会对家庭和社会造成不良影响。因此，建议相关人员务必遵守法律法规，避免参与任何非法集资活动。
如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。