在行政复议过程中，收到申请人阅卷后提出的质疑及补充证据，行政复议机构应当采取以下措施：
一、对质疑的审查与回应
审查质疑内容：
- 行政复议机构应首先仔细审查申请人提出的质疑，明确质疑的具体内容和依据。这包括对行政复议申请书、证据材料以及行政复议过程中涉及的其他相关文件的审查。
回应质疑：
- 根据审查结果，行政复议机构应及时向申请人作出书面回应。回应应针对质疑的具体内容，逐一进行解释和说明，确保申请人能够充分理解行政复议机构的立场和依据。
- 若质疑涉及行政行为的合法性或合理性问题，行政复议机构应依据相关法律法规和事实依据，进行客观、公正的评判，并给出明确的结论。
二、对补充证据的处理
接收与登记：
- 行政复议机构应接收申请人提交的补充证据，并进行详细登记，包括证据的名称、来源、提交时间等信息。
审查补充证据：
- 行政复议机构应对补充证据进行审查，判断其是否真实、合法、有效，以及是否与案件事实相关联。
- 审查过程中，行政复议机构可以要求申请人提供证据的原件或原始出处，以确保证据的真实性和可靠性。
决定是否采纳：
- 根据审查结果，行政复议机构应决定是否采纳补充证据。若证据真实、合法、有效，且与案件事实相关联，则应予以采纳，并作为行政复议决定的依据之一。
- 若证据存在瑕疵或不符合要求，行政复议机构应不予采纳，并向申请人说明理由。
三、后续程序的处理
重新审查或听证：
- 若申请人提出的质疑或补充证据对行政复议决定产生了实质性影响，行政复议机构可以决定重新审查案件或举行听证会，以确保行政复议决定的公正性和准确性。
作出行政复议决定：
- 在完成对质疑和补充证据的处理后，行政复议机构应根据审查结果和法律规定，作出行政复议决定。决定应明确、具体，并告知申请人相应的权利和义务。
送达与执行：
- 行政复议机构应及时将行政复议决定送达申请人和被申请人，并监督决定的执行情况。若申请人或被申请人对决定不服，可以依法向人民法院提起行政诉讼。
法律建议：
- 在行政复议过程中，申请人应积极配合行政复议机构的工作，及时提交相关证据和材料，并明确表达自己的诉求和理由。
- 若申请人对行政复议决定不服，应在法定期限内向人民法院提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 若行政复议机构未依法处理申请人提出的质疑和补充证据，可能导致行政复议决定被撤销或变更，甚至可能引发行政诉讼等法律后果。
- 若申请人未依法参与行政复议程序或未及时提交相关证据和材料，可能影响其合法权益的维护。
在处理行政复议案件时，行政复议机构应严格遵守法律法规和程序规定，确保行政复议决定的公正性和准确性。同时，申请人也应积极配合行政复议机构的工作，共同推动行政复议案件的妥善解决。如果有其他法律问题，可以直接向我咨询。