行政复议申请人阅卷后提出书面质疑并补充证据，复议机关一般需要将相关材料转交给被申请人。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与原则
在行政复议过程中，保障当事人的知情权、参与权和申辩权是基本原则。根据《中华人民共和国行政复议法》及相关规定，复议机关在受理行政复议申请后，应当将申请书副本或者申请笔录复印件发送给被申请人，并要求被申请人提出书面答复，同时提交当初作出具体行政行为的证据、依据和其他有关材料。这一规定体现了行政复议的公正性和透明性，确保了双方当事人都能充分了解对方的主张和证据。
二、阅卷与补充证据的处理
阅卷权：行政复议申请人有权查阅被申请人提出的书面答复、作出具体行政行为的证据、依据和其他有关材料。这是申请人了解案情、准备申辩的重要途径。
书面质疑与补充证据：申请人在阅卷后，如果对被申请人的证据或依据有质疑，或者认为有必要补充新的证据，可以向复议机关提出书面质疑并补充证据。这是申请人行使申辩权的具体表现。
复议机关的处理：复议机关在收到申请人的书面质疑和补充证据后，应当进行审查。如果认为这些材料对案件的处理有重要影响，一般需要将相关材料转交给被申请人，以便被申请人进行答辩或补充证据。这样做有助于复议机关全面、客观地了解案情，作出公正的裁决。
三、特殊情况下的处理
虽然一般情况下复议机关需要将申请人的书面质疑和补充证据转交给被申请人，但也存在一些特殊情况。例如：
证据的合法性、关联性或真实性存疑：如果复议机关认为申请人补充的证据不合法、不关联或不真实，可能不会将其转交给被申请人。
保护国家秘密、商业秘密或个人隐私：如果申请人的书面质疑或补充证据涉及国家秘密、商业秘密或个人隐私，复议机关在转交时需要谨慎处理，确保不泄露相关信息。
其他法定情形：根据法律法规的其他规定，如果存在某些法定情形，复议机关可能不会将申请人的书面质疑和补充证据转交给被申请人。
四、法律建议
对于申请人而言，在提出书面质疑和补充证据时，应当确保所提交的材料合法、关联且真实。同时，申请人也可以关注复议机关的处理进度，如果认为复议机关未依法转交相关材料，可以及时向复议机关提出异议或寻求其他法律救济途径。
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