获得施工许可证的合法在建项目，不会仅因开发其他诉讼土地被查封而停工。以下是对此问题的详细分析：
一. 查封的法律依据及影响
查封的法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，财产保全可以采取查封、扣押、冻结等方法。当在建建筑物作为被执行人的财产被法院查封时，意味着该财产已被法律程序所限制，不能随意处置。
查封对在建工程的影响：
- 查封期间，被执行人对该建筑物的处分权受到限制，不能进行买卖、转让等交易行为。然而，查封本身并不直接导致在建工程停工。
二. 停工的决定因素
法院的具体裁定：
- 法院在查封时可能会给出具体的指示或限制条件，这些将直接影响工程是否能继续。如果法院裁定要求停工，那么工程必须停工。但如果没有此类裁定，查封本身并不构成停工的法定理由。
工程资金来源：
- 如果工程资金主要来源于被查封的财产，那么资金流动受限可能导致工程无法继续。然而，如果工程资金有其他稳定来源，查封就不会直接影响工程的进行。
相关法规的执行情况：
- 如工程是否符合建筑法规，是否取得所有必要的施工许可等。只要工程符合相关法规并持有有效的施工许可证，它就有权继续施工，除非法院另有裁定。
三. 施工许可证的有效性
施工许可证的办理条件：
- 根据《中华人民共和国建筑法》第八条的规定，申请领取施工许可证应当具备一系列条件，如已经办理该建筑工程用地批准手续、已经确定建筑施工企业、有满足施工需要的资金安排等。这些条件与土地是否被查封无直接关联。
施工许可证的中止与废止：
- 若建设单位在领取施工许可证后既不开工又不申请延期，或者超过延期时限，施工许可证将自行废止。但查封土地并不直接导致施工许可证的废止。
综上所述，获得施工许可证的合法在建项目，不会仅因开发其他诉讼土地被查封而停工。除非法院在查封时明确裁定要求停工，或者查封导致工程资金断裂等直接影响工程进行的情况出现，否则工程有权继续施工。我的观点是，在面临此类情况时，建设单位应密切关注法院的裁定和相关法规的执行情况，确保工程的合法进行。如有进一步需要，您可以继续咨询我。