机关单位的保密主体责任由机关单位本身、各部门负责人及全体工作人员共同承担。具体来说：

1. 机关单位本身：作为保密工作的责任主体，机关单位需将保密工作纳入重要议事日程，定期研究部署，建立保密工作领导小组，并明确第一责任人、直接责任人及分管领导的责任。同时，机关单位还需制定完善的保密管理制度，包括涉密人员管理、涉密载体管理、信息系统和信息设备管理、保密教育培训、监督检查等方面的具体规定，并定期评估和执行情况检查。

2. 各部门负责人：各部门负责人需对分管工作范围内的保密工作负重要领导责任，将保密要求融入业务工作，加强分管部门、人员的保密教育、管理和监督。他们需确保本部门员工严格遵守保密规章制度，履行保密义务，防止失泄密事件发生。

3. 全体工作人员：作为机关单位的一员，全体工作人员都应牢固树立保密观念，严格遵守保密规章制度。他们不应在公共场所谈论涉密事项，不在个人通信中泄露秘密，不擅自扩大阅知范围，非工作需要不得进入涉密办公场所等。同时，他们还需接受定期的保密教育和培训，提高保密意识和能力。

综上所述，机关单位的保密主体责任是一个综合性的责任体系，需要机关单位本身、各部门负责人及全体工作人员共同努力，确保保密工作的有效开展和秘密信息的安全。如有任何保密相关的问题或疑虑，可以直接向我咨询，我作为专业律师，将竭诚为您提供法律帮助。