关于“机关单位的主体责任由谁承担”这一问题，其核心在于理解“机关单位”及“主体责任”的含义，并明确在何种情境下这种责任会被追究及由谁来承担。

结论前置：机关单位的主体责任主要由该单位自身承担，但在特定情况下，如单位负责人或直接责任人员存在过错，他们也可能需承担个人责任。

详细分析：

1. 机关单位的定义与性质：

   • 机关单位通常指国家机关、事业单位等具有公共管理职能的组织。
   • 这些单位以其名义行使权力、履行职责，并承担相应的法律责任。

2. 主体责任的含义：

   • 主体责任指的是机关单位作为独立法人，对其行为所产生的法律后果应承担的责任。
   • 这包括决策失误、执行不力、监管缺失等导致的法律后果。

3. 责任承担的主体：

   • 一般情况下，机关单位的主体责任由其自身承担，即单位作为整体对外承担责任。
   • 但若单位负责人或直接责任人员存在故意或重大过失，导致单位承担法律责任的，他们也可能需承担个人责任，如行政处分、刑事责任等。

4. 特定情境下的责任承担：

   • 在行政诉讼中，若机关单位被判定为违法，需承担相应的行政责任，如赔偿损失、撤销或变更行政行为等。
   • 在刑事诉讼中，若机关单位或其工作人员涉嫌犯罪，需依法追究刑事责任。此时，单位可能面临罚金等处罚，而个人则可能面临刑罚。

5. 法律依据：

   • 《中华人民共和国行政诉讼法》、《中华人民共和国刑法》等相关法律法规对机关单位的主体责任及责任承担有明确规定。

综上所述，机关单位的主体责任主要由该单位自身承担。但在特定情况下，如单位负责人或直接责任人员存在过错，他们也可能需承担个人责任。若您对此有进一步的问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。