员工对公司制度不满意联名的情况，应通过内部沟通、协商或法定程序来处理。具体分析如下：

一. 内部沟通与协商

1. 建立沟通渠道：公司应首先确保有畅通的沟通渠道，让员工能够表达对公司制度的不满和意见。这可以通过定期的员工大会、意见箱、内部邮件等方式实现。
2. 倾听员工意见：收到员工联名反馈后，公司管理层应认真倾听员工的意见和诉求，了解他们不满的具体原因。
3. 协商与解释：在了解员工的不满后，公司应与员工进行协商，解释制度制定的背景和目的，以及制度对公司和员工的重要性。同时，也可以考虑员工的合理建议，对制度进行适当调整。

二. 法定程序处理

如果内部沟通与协商无法解决问题，员工可以通过法定程序来表达自己的诉求。

1. 查阅劳动合同与法律法规：员工应首先查阅自己的劳动合同和相关的法律法规，了解自己的权利和义务，以及公司制度是否符合法律法规的规定。
2. 提起劳动仲裁或诉讼：如果公司制度确实存在违法或不合理之处，且公司拒绝改正，员工可以依法向劳动仲裁委员会提起劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条，发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

三. 总结与建议

员工对公司制度不满意联名是表达意见的一种方式，公司应重视并妥善处理。通过内部沟通与协商，可以化解矛盾，增进理解。如果无法解决问题，员工可以依法通过劳动仲裁或诉讼来维护自己的权益。我建议公司在制定制度时，应充分考虑员工的意见和诉求，确保制度的合法性和合理性，以维护公司的稳定和发展。同时，员工也应理性表达诉求，通过合法途径来解决问题。

如有进一步需要，您可以继续咨询我。