跑过黑车但现已停止，非营运车合法行车发生事故时，本车全责的情况下，商业险通常会理赔，但可能面临保险公司对过往黑车行为的审查。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 保险合同的约定

• 商业车险的理赔主要依据保险合同中的条款。若保险合同中未明确将过往的黑车行为作为拒赔理由，且事故发生时车辆处于合法行车状态，那么保险公司理应按照合同约定进行理赔。
• 但需要注意的是，保险公司在理赔过程中可能会对车辆的过往使用情况进行调查。若发现车辆曾有黑车行为，且该行为增加了车辆的风险，保险公司可能会以此为由拒绝理赔或要求增加保费。

二. 保险公司的审查

• 保险公司在进行理赔时，会对事故的真实性、车辆的状况以及驾驶人的行为进行审查。过往的黑车行为若被查出，可能会影响保险公司的理赔决定。
• 即便事故发生时车辆已转为非营运状态，保险公司仍可能因过往的黑车行为而对车辆的理赔申请持谨慎态度。

三. 法律与监管

• 根据相关法律法规，车辆必须按照规定的用途使用。若车辆曾用于非法营运（如黑车），则可能违反了相关法律法规。
• 但就理赔而言，关键在于保险合同中的约定以及事故发生时车辆的状态。若合同未明确排除黑车历史对理赔的影响，且事故发生时车辆合法行车，则保险公司应依约理赔。

综上所述，若您的车辆现已停止黑车行为，且事故发生时处于合法行车状态，商业险理应会进行理赔。但考虑到保险公司可能对过往的黑车行为进行审查，并可能影响理赔决定，建议您在申请理赔时如实告知车辆的使用历史，并准备相关证据以证明事故发生时车辆的合法状态。如有进一步需要，您可以继续咨询我。