用人单位在没有证据的情况下不承认劳动关系，仲裁机构是否会认定劳动关系成立，需结合具体情况判断，但缺乏证据时劳动者主张劳动关系成立将面临较大困难。以下从不同角度为您详细分析：
一、劳动关系认定的基本原则与证据要求
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》及相关规定，劳动关系的认定需遵循“谁主张，谁举证”的原则。劳动者主张与用人单位存在劳动关系，应当提供初步证据证明双方存在管理与被管理的关系，如工资支付记录、工作证、服务证、考勤记录、同事证言等。若劳动者无法提供任何证据，而用人单位又不认可劳动关系的存在，仲裁机构可能难以认定劳动关系成立。
二、无证据时劳动者的应对策略
收集间接证据：
- 尽管直接证据缺失，但劳动者可尝试收集其他间接证据，如工作照片、视频、与公司往来的邮件或短信、微信聊天记录等。
- 这些间接证据需能相互印证，形成完整的证据链，以证明劳动关系的存在。例如，微信聊天记录中涉及工作内容、工作时间的信息，结合工作现场的照片或视频，可能构成证明劳动关系的间接证据。
利用法律规定推定劳动关系：
- 根据原劳动和社会保障部《关于确立劳动关系有关事项的通知》，若用人单位未与劳动者签订劳动合同，但具备以下情形，可认定劳动关系成立：
- 用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格；
- 劳动者受用人单位管理，从事有报酬的劳动；
- 劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。
- 劳动者可依据这些规定，结合自身实际情况，向仲裁机构主张劳动关系的存在。
申请调查取证：
- 若关键证据由用人单位掌握，如工资发放记录、考勤数据等，劳动者可向仲裁委员会申请调查取证。
- 仲裁委员会有权要求用人单位提供相关证据，若用人单位拒绝提供或无法提供，可能承担不利后果。
三、用人单位不承认劳动关系的法律后果
仲裁阶段：
- 若用人单位不承认劳动关系，且劳动者无法提供有效证据，仲裁机构可能不认定劳动关系成立，从而驳回劳动者的仲裁请求。
- 但若劳动者能提供间接证据或利用法律规定推定劳动关系存在，仲裁机构可能认定劳动关系成立，并支持劳动者的仲裁请求。
诉讼阶段：
- 若劳动者对仲裁结果不服，可依法向人民法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，劳动者仍可继续举证，通过合法程序维护自身权益。法院将根据双方提供的证据和法律规定，综合判断劳动关系的存在与否。
四、实际案例与启示
实践中存在劳动者在无直接证据的情况下，通过间接证据链成功确认劳动关系的案例。例如，劳动者通过多名同事的书面证言，结合工作现场的照片、视频，以及与公司负责人的通话录音，最终形成完整证据链，获得仲裁委或法院的认可。这启示我们，即使缺乏直接证据，劳动者也不应放弃主张劳动关系的权利，而应积极收集间接证据，利用法律规定推定劳动关系存在。
五、建议与注意事项
- 及时收集证据：劳动者在入职时应尽量与用人单位签订书面劳动合同，并保留好工资支付记录、工作证、服务证等证据。若未签订书面合同，也应尽量收集其他能证明劳动关系的证据。
- 诚信主张权利：劳动者在主张劳动关系时，应确保所提供的证据真实合法，不得伪造或变造证据。否则，将承担法律责任。
- 寻求专业帮助：在证据不足或法律关系复杂的情况下，建议劳动者咨询专业律师或法律援助机构，获取针对性的法律意见和证据收集策略。
最后需要强调的是，证据在劳动争议仲裁中至关重要。若用人单位没有证据不承认劳动关系，而劳动者又无法提供有效证据，仲裁机构可能不认定劳动关系成立。因此，劳动者在主张劳动关系时，应尽量收集和准备相关证据，以提高胜诉的可能性。若您在此方面遇到困难或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。