当先签的合同和后签的协议内容不一致时，一般以后签订的协议为准，但具体还需根据实际情况判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、签订时间角度
后签订的协议视为对先合同的变更或补充：
- 在法律上，后签订的协议通常被视为对先签订合同的变更或补充。这是因为当事人在签订后续协议时，往往已经对先前的合同内容进行了重新考量或调整。
- 举例：假设甲乙双方先签订了一份买卖合同，约定了商品的价格和交付时间。后来，由于市场价格波动，双方又签订了一份补充协议，对价格进行了调整。在这种情况下，应以补充协议为准。
需考虑双方对变更或补充内容的无异议：
- 仅仅因为后签订的协议在时间上靠后，并不意味着它一定有效。关键在于双方是否对变更或补充内容无异议。如果一方对后签订的协议内容提出异议，并能够证明该协议并非其真实意思表示，那么该协议可能不会被法院采纳。
二、内容差异角度
关键条款的实质性修改：
- 如果后签订的协议对先合同中的关键条款（如价格、数量、质量标准、履行期限等）进行了实质性修改，那么应以修改后的协议为准。这是因为关键条款的修改直接影响了合同的权利义务关系。
- 举例：在一份建设工程合同中，先合同约定了工程的总造价和工期。后来，双方又签订了一份协议，对总造价进行了大幅调整，并延长了工期。在这种情况下，应以新协议为准。
非关键部分的差异且不冲突：
- 如果后签订的协议只是对先合同中的非关键部分进行了修改，且这些修改并不与先合同相冲突，那么两者可以并存适用。这是因为非关键部分的修改通常不会对合同的权利义务关系产生实质性影响。
- 举例：在一份租赁合同中，先合同约定了租赁物的名称、位置和租金。后来，双方又签订了一份协议，对租赁物的使用方式进行了细微调整，但并未改变租金和租赁期限。在这种情况下，两份合同可以并存适用。
三、特别约定角度
协议中明确约定为基础或合同中有特别说明：
- 如果先签订的合同中明确约定了其为后续协议的基础，或者后签订的协议中有关于先合同效力的特别说明（如“本协议与先合同不一致的，以本协议为准”），那么应依约定判断。
- 举例：在一份合作协议中，先合同约定了双方的合作方式和利润分配比例。后来，双方又签订了一份补充协议，明确约定“本补充协议与先合作协议不一致的，以本补充协议为准”。在这种情况下，应以补充协议为准。
遵循“特别约定优于一般约定”原则：
- 在合同纠纷中，如果双方对同一事项有特别约定和一般约定，且两者存在冲突，那么应遵循“特别约定优于一般约定”的原则。这是因为特别约定通常更能反映双方的真实意愿和特定需求。
四、法律程序角度
- 必要时通过法律程序解决争议：
- 如果双方对先合同和后协议的内容存在争议，且无法通过协商解决，那么可以依法向人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构将根据相关法律法规和合同条款，结合双方的实际履行情况，对争议事项进行裁决。
建议您在遇到此类问题时，首先审查合同和协议的签订时间、内容差异以及是否存在特别约定。如果无法确定以哪个为准，或者双方对此存在争议，可以及时咨询我，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。