结论：通常情况下，劳动合同应当由用人单位和劳动者各执一份，而不是两份都交给公司。

分析如下：

1. 法律规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。该法并未明确规定劳动合同必须一式几份，但通常理解下，为了保障双方的权益，劳动合同应当由用人单位和劳动者各执一份。这样，在发生争议时，双方都能提供有效的证据来维护自己的权益。

2. 实践操作：

   • 在实际操作中，如果公司要求将两份劳动合同都留在公司，这可能存在一些问题。首先，这不符合常规做法，因为劳动者需要有一份合同作为自己权益的保障。其次，如果公司单方面保留两份合同，可能会在发生争议时给劳动者带来不利，因为劳动者可能无法提供有效的合同证据。

3. 劳动者权益保护：

   • 作为劳动者，你有权要求获得一份劳动合同的副本。如果公司拒绝提供，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过法律途径来维护自己的权益。同时，你也可以在签订合同时，明确要求公司给你一份合同副本，并确保合同内容完整、合法。

4. 特殊情况：

   • 当然，也存在一些特殊情况，比如某些行业或岗位可能因为工作性质或安全考虑，需要公司统一保管劳动合同。但这种情况应当有明确的规章制度或合同条款作为依据，并且应当确保劳动者在需要时能够方便地查阅或复制合同内容。

建议：

• 如果你发现公司要求将两份劳动合同都留在公司，你可以与公司进行沟通，明确要求获得一份合同副本。
• 如果公司拒绝提供，你可以考虑向当地的劳动监察部门投诉，或者咨询专业律师（比如我）来维护自己的权益。
• 在签订劳动合同时，务必仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到充分保障。

如果有任何关于劳动合同或其他劳动法律问题的疑问，都可以直接向我咨询。