结论：进新厂第一个月的补助在干了三个月后辞职被扣，是否合法需视具体情况而定，不能一概而论。

分析：

1. 补助性质与约定：

   • 首先，需要明确该补助的性质。是入职奖励、试用期补助、还是其他形式的补贴？补助的发放是否有明确的合同或规章制度依据？
   • 如果补助的发放与员工的在职时间或工作表现挂钩，且合同或规章制度中明确规定了辞职时补助的扣发条件，那么扣发补助可能是合法的。
   • 反之，如果补助是无条件的，或者合同、规章制度中未规定辞职时补助的扣发，那么扣发补助就可能不合法。

2. 劳动合同与规章制度：

   • 劳动合同是员工与用人单位之间约定权利义务的重要文件。如果劳动合同中明确规定了补助的发放与扣发条件，那么双方应遵守合同约定。
   • 同时，用人单位的规章制度也是判断补助扣发是否合法的重要依据。如果规章制度中明确规定了补助的扣发条件，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，那么扣发补助可能是合法的。
   • 但如果劳动合同或规章制度中未规定补助的扣发条件，或者规定的内容与法律法规相抵触，那么扣发补助就可能不合法。

3. 法律法规的遵循：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这里的劳动报酬包括工资、奖金、津贴和补贴等。
   • 如果用人单位无正当理由扣发劳动者的补助，就可能构成违法行为。劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

建议：

• 如果您认为扣发补助不合法，可以先与用人单位进行协商，要求其按照合同或规章制度的规定支付补助。
• 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
• 在处理此类纠纷时，建议您保留好相关证据，如劳动合同、规章制度、工资条、补助发放记录等，以便在需要时提供证明。

总结：进新厂第一个月的补助在干了三个月后辞职被扣是否合法，需根据补助的性质、劳动合同与规章制度的约定以及法律法规的遵循情况来综合判断。如果您对此有疑问或认为自己的权益受到侵害，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。