用人单位仅以劳动者工作不满三个月为由扣除其工资，通常是不合法的。以下是详细的法律分析与应对措施：

法律依据

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
2. 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。

这些法律条款明确保护了劳动者的工资报酬权，用人单位不得无故克扣或拖欠工资。

特殊情况

尽管一般情况下扣工资是不合法的，但也存在一些特殊情况，如劳动者因自身原因给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿，但赔偿的扣除需遵循法定原则。然而，这并不意味着用人单位可以随意以工作不满三个月为由扣除工资。

应对措施

面对用人单位以工作不满三个月为由扣除工资的情况，劳动者可以采取以下措施维护自己的权益：

1. 协商解决：首先尝试与用人单位进行协商，要求其补发被扣除的工资。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉，劳动监察部门将依法对用人单位进行调查和处理。
3. 提起劳动仲裁或诉讼：若投诉仍无法解决问题，劳动者可以选择提起劳动仲裁或诉讼，通过法律程序要求用人单位承担法律责任，并追回被扣除的工资。

总结

综上所述，用人单位仅以劳动者工作不满三个月为由扣除其工资是违法的。劳动者在遭遇此类不合法情况时，应积极采取措施维护自己的合法权益，确保自己的劳动成果得到应有的回报。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。