结论：车辆的所有权归属及是否会被用于偿还男方欠款，需根据离婚协议的具体内容、车辆的实际控制情况以及男方欠款的具体性质来综合判断。
一、车辆所有权归属
离婚协议的效力：
- 离婚协议中关于财产分割的条款，对双方具有法律约束力。若协议明确车辆归女方所有，则从法律上讲，车辆的所有权应归女方。
- 但需注意，离婚协议虽对双方有约束力，却并不直接产生物权变动的效力。即，仅凭离婚协议，车辆的所有权并未在法律上完成从男方到女方的转移。
车辆过户的重要性：
- 车辆作为特殊动产，其所有权的转移需以登记为要件。未办理过户手续，车辆在法律上仍视为男方所有。
- 因此，尽管离婚协议约定车辆归女方，但未过户前，女方在法律上并不享有完整的车辆所有权。
二、车辆是否会被用于偿还男方欠款
男方个人债务：
- 若男方的欠款属于其个人债务，与女方无关，则原则上，男方的债权人无权要求用属于女方的财产（包括车辆，若已过户或能证明实际归女方所有）来偿还。
- 但由于车辆未过户，在法律上仍视为男方所有，男方的债权人可能会尝试通过法律途径对车辆进行查封、拍卖等，以偿还男方的债务。
女方如何保护自身权益：
- 女方应尽快办理车辆过户手续，以明确车辆的所有权归属。
- 若男方债权人已对车辆采取法律措施，女方可提供离婚协议等证据，证明车辆的实际所有权归属，并申请法院解除对车辆的查封、拍卖等措施。
- 女方还可考虑向法院提起确权之诉，明确车辆的所有权归属，以防止车辆被错误处置。
特殊情况：
- 若男方的欠款属于夫妻共同债务（如因家庭共同生活、共同经营等所产生的债务），则女方可能需承担连带偿还责任。在此情况下，即使车辆已过户给女方，也可能被用于偿还共同债务。但根据您描述的情况，此处的欠款更可能是男方的个人债务。
三、建议与总结
- 尽快办理过户：女方应尽快与男方协商办理车辆过户手续，以明确车辆的所有权归属，避免后续纠纷。
- 保留相关证据：女方应妥善保管离婚协议等证据，以备不时之需。
- 咨询专业律师：若遇到复杂情况或法律纠纷，女方应及时咨询专业律师，以维护自身合法权益。
总结：车辆的所有权归属及是否会被用于偿还男方欠款，需根据离婚协议、车辆过户情况以及男方欠款性质来综合判断。女方应尽快办理车辆过户手续，并保留相关证据以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。