若您与总公司签订了劳动合同并出现纠纷，一般情况下，您应当起诉总公司。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、劳动合同关系主体
合同相对性原则：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。在您与总公司签订劳动合同的情况下，总公司即为劳动合同的用人单位一方，您作为劳动者，与总公司之间建立了劳动关系。
纠纷解决对象：当劳动合同履行过程中出现纠纷时，根据合同相对性原则，您应当向合同的另一方——总公司主张权利，要求其承担相应的法律责任。
二、特殊情况下的责任承担
分公司责任：虽然一般情况下您应当起诉总公司，但如果总公司设立了分公司，并且该分公司实际参与了劳动合同的履行（如实际支付工资、进行日常管理等），在特定情况下，分公司也可能需要承担一定的法律责任。但这并不改变您首先应当向总公司主张权利的事实。分公司若需承担责任，通常是在总公司承担责任的基础上，根据具体情况进行的一种补充或连带责任。
关联公司责任：如果总公司与其他关联公司存在人格混同、财产混同等情况，导致无法区分各自财产和责任时，您可能还需要考虑将关联公司列为共同被告。但这种情况较为复杂，需要具体分析各公司之间的法律关系和财产状况。
三、法律建议
收集证据：在起诉前，您应当收集并整理好与劳动合同相关的所有证据，包括劳动合同文本、工资支付记录、工作证、考勤记录等，以证明您与总公司之间存在劳动关系以及纠纷的具体情况。
咨询专业律师：虽然我已经为您提供了基本的法律分析，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在起诉前，我建议您进一步咨询专业律师，以便根据您的具体情况制定更详细的诉讼策略。不过，作为殷翰卿律师，我随时准备为您提供专业的法律咨询。
注意诉讼时效：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。因此，您应当在知道或应当知道自己的权利被侵害之日起一年内提起仲裁或诉讼。
四、可能的法律后果
胜诉后果：如果您能够提供充分的证据证明总公司存在违法行为或未履行劳动合同约定的义务，法院可能会判决总公司承担相应的法律责任，如支付拖欠的工资、经济补偿金等。
败诉后果：如果您无法提供充分的证据或法院认为您的主张不成立，您可能会面临败诉的风险。此时，您需要承担诉讼费用等不利后果。但请放心，作为您的法律顾问，我会尽我所能为您争取最大的合法权益。