上级部门违法行为，下级一般可以不执行，且在特定情况下，执行明显违法的决定或命令，下级需承担相应责任。以下从不同角度进行分析：

法律规定角度

根据《中华人民共和国公务员法》的相关规定，公务员执行公务时，若认为上级的决定或命令有错误，可以向上级提出改正或撤销该决定或命令的意见。若上级不改变该决定或命令，或要求立即执行，公务员应当执行，但执行的后果由上级负责，公务员不承担责任。然而，若公务员执行的是明显违法的决定或命令，则应当依法承担相应的责任。这一规定明确了公务员在执行上级命令时的法律责任边界，即对于明显违法的命令，公务员有义务拒绝执行，否则将承担法律责任。

实际案例角度

以河南永城的案例为例，两位官员因坚决贯彻执行了领导的“会议纪要”，该“会议纪要”内容涉及违法调整容积率等明显违法行为，最终这两位官员被判滥用职权罪。这一案例充分说明，即使上级命令以某种形式（如会议纪要）下达，若其内容明显违法，下级执行该命令也将面临法律责任。因此，下级在面对上级违法行为时，应保持警惕，审慎判断命令的合法性，避免盲目执行。

法律建议角度

1. 审慎判断命令合法性：下级在接到上级命令时，应首先审慎判断其合法性。若命令内容明显违法，如下达的指示违反了法律法规的明确规定，下级应拒绝执行，并及时向上级反映情况。
2. 及时向上级反映：当下级认为上级命令有错误或违法时，应及时向上级提出改正或撤销该命令的意见。这不仅是下级的权利，也是其义务，有助于防止违法行为的进一步发生。
3. 保留证据：在拒绝执行上级违法命令或向上级反映情况时，下级应保留相关证据，如书面记录、邮件往来等，以备不时之需。这些证据在后续可能发生的法律纠纷中，将起到关键作用。

若下级执行了上级明显违法的命令，可能面临行政处分、刑事责任等法律后果。因此，下级在面对上级违法行为时，应坚决拒绝执行，并及时向上级反映情况，以维护法律的尊严和自身的合法权益。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。