员工不配合加班，用人单位应依法、合理处理，不能一概而论地采取处罚措施。具体处理方式需根据加班的性质和员工的实际情况来决定，以下从不同角度进行分析：
一、正常情况下的加班
沟通协商：
- 若加班属于正常情况，即因生产经营需要，用人单位在与工会和劳动者协商后安排劳动者加班，员工不配合时，用人单位应首先与员工进行沟通，了解其不配合的原因。
- 沟通时，应强调加班的必要性和工作紧急性，同时解释加班补偿政策，如加班费、调休等，尽量协商解决。
不得强迫：
- 从法律角度，用人单位不得强迫或者变相强迫劳动者加班。员工有权拒绝不合理的加班要求，用人单位不能因此给予处罚或解除劳动合同，否则属违法行为，员工可主张经济补偿。
考虑员工实际情况：
- 若员工因家庭困难、身体不适等客观因素无法加班，用人单位应表示理解，并考虑调整加班安排或提供适当帮助。
二、特殊情况下的加班
员工应服从安排：
- 若加班是在特殊情形下，如发生自然灾害、事故或者因其他原因威胁人民生命健康和财产安全，需要紧急处理；或生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修等，员工应当服从安排加班。
- 在此类紧急情况下，员工拒绝加班的，用人单位可依据规章制度进行处理，但处理应符合法律规定和程序，且规章制度需确保民主程序制定、内容合法且已公示。
支付加班费：
- 无论是正常情况下的加班还是特殊情况下的加班，用人单位都应按照法律规定支付加班费。正常工作日加班，支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日加班又不能安排补休，支付不低于工资的200%的工资报酬；法定休假日加班，支付不低于工资的300%的工资报酬。
三、用人单位应避免的做法
避免滥用加班要求：
- 用人单位应避免滥用加班要求，保障员工合法权益，营造良好工作氛围。通过合理安排工作任务、提高工作效率等方式减少不必要加班，而不是单纯依靠强制加班完成工作。
不得随意处罚：
- 对于无正当理由拒绝加班的员工，用人单位不能随意处罚。应先与员工沟通，了解原因，并尝试通过协商解决问题。若沟通无果，且员工行为违反公司规章制度，用人单位可按照规章制度进行处理，但需确保处理合法合规。
建议：用人单位在处理员工不配合加班的问题时，应依法、合理、人性化地进行。通过沟通协商、了解员工实际情况、支付加班费等方式，尽量化解矛盾，维护良好的劳动关系。若遇到复杂情况或法律纠纷，可直接向我咨询，我将提供专业的法律意见和帮助。