当甲乙双方在工程结算过程中产生异议时，可以按照以下步骤来处理，以确保问题得到妥善解决：
一、明确争议焦点与收集证据
梳理合同条款：
- 仔细审查工程合同中的结算条款，包括计价方式、付款条件、变更和索赔程序等关键内容。
- 明确双方在合同中的权利和义务，以及争议的具体内容，为后续的协商或诉讼提供基础。
收集证据材料：
- 收集与结算相关的所有文件，如施工图纸、变更通知、验收报告、工程量计算书、单价分析表等。
- 确保证据的真实性和完整性，这些证据将在协商或诉讼中起到关键作用。
二、友好协商解决
主动沟通：
- 双方应本着平等、自愿的原则，就结算异议进行友好协商。
- 通过面对面的交流，了解对方的立场和需求，寻求共识和解决方案。
提出解决方案：
- 根据争议的具体情况，提出合理的解决方案。
- 可以考虑调整结算金额、支付方式或时间等，以达成双方都能接受的协议。
三、申请调解或仲裁（如协商不成）
选择调解机构：
- 如果协商无果，可以考虑向相关行业协会、专业调解机构或建设行政主管部门申请调解。
- 调解机构将组织双方进行调解，协助解决争议，调解结果通常具有较高的接受度。
提交仲裁申请：
- 若调解仍无法解决问题，且合同中约定了仲裁条款，任何一方均可向约定的仲裁委员会提交仲裁申请。
- 仲裁委员会将根据事实和法律作出裁决，该裁决具有法律效力，双方应遵守。
四、提起诉讼（作为最后手段）
准备起诉材料：
- 如果仲裁也无法解决争议，或者合同中未约定仲裁条款，任何一方均有权向人民法院提起诉讼。
- 在提起诉讼前，应准备好充分的证据材料和起诉状，确保诉讼的顺利进行。
参与庭审过程：
- 在庭审过程中，双方应充分陈述自己的观点和理由，提供证据支持自己的主张。
- 法院将根据事实和法律作出判决，解决双方的争议，判决结果具有强制执行力。
五、注意事项
遵守法定程序：
- 在处理结算异议的过程中，双方应严格遵守法定程序和时限要求。
- 确保每一步操作都符合法律法规的规定，避免程序违法导致的不利后果。
保持冷静理性：
- 面对结算异议，双方应保持冷静和理性，避免情绪化的行为影响问题的解决。
- 以事实为依据，以法律为准绳，寻求合理合法的解决方案。
总结与建议：在处理工程结算异议时，建议双方首先通过友好协商解决争议，这有助于维护双方的合作关系。如果协商不成，可以考虑申请调解或仲裁。作为最后手段，提起诉讼也是解决争议的有效方式。在整个过程中，双方应严格遵守法定程序，保持冷静理性，以事实为依据，以法律为准绳，寻求合理合法的解决方案。如果有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。