承包沟渠建房通常是不合法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、土地管理法规角度

根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，农村的土地包括沟渠等都有其特定的规划和用途。沟渠作为公共设施或水利设施的一部分，具有排水、灌溉等重要功能。任何单位和个人不得擅自改变其用途或进行非法占用。因此，从土地管理法规的角度来看，承包沟渠建房违反了土地利用的总体规划和相关规定，是不被允许的。

二、水利管理法规角度

沟渠对于农业生产和农村生态环境有着重要意义。占用沟渠建房会影响水利设施的正常运行和功能发挥，损害公共利益。根据水利管理法规，任何单位和个人不得破坏、侵占或毁坏水利设施。因此，从水利管理法规的角度来看，承包沟渠建房也是不合法的。

三、实际操作与后果角度

1. 行政处罚：如果擅自承包沟渠建房，可能会面临行政处罚，包括责令停止违法行为、限期拆除违法建筑、恢复原状以及罚款等。
2. 民事纠纷：占用沟渠建房还可能引发与相邻土地使用者的民事纠纷，如排水受阻、灌溉受影响等，导致赔偿损失等法律责任。
3. 刑事责任：在极端情况下，如果占用沟渠建房的行为严重破坏了水利设施，导致严重后果，如洪水泛滥、农田受灾等，还可能构成犯罪，需要承担刑事责任。

四、建议与措施

1. 遵守法律法规：在农村地区进行建设活动时，应严格遵守土地管理法规和水利管理法规，不得擅自改变土地用途或破坏水利设施。
2. 合法申请与审批：如果需要进行建设活动，应依法向相关部门申请并获得审批许可，确保建设活动的合法性和合规性。
3. 咨询专业律师：在涉及土地和水利设施的法律问题时，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见和指导。

承包沟渠建房是不合法的。为了保障自身权益和避免法律风险，请务必遵守相关法律法规并咨询专业律师的意见。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。