领导和有案底职工发生肢体冲突的处理方式需依据冲突的具体情况和法律规定综合判断。以下是详细的处理步骤和法律依据：
一. 立即制止冲突并报警
- 立即制止：发现领导和职工肢体冲突后，应立即制止冲突，防止事态进一步恶化，确保双方安全。
- 报警处理：随后应及时报警，由公安机关介入调查。根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第九条，对于因民间纠纷引起的打架斗殴，公安机关可以调解处理；若调解未果或冲突严重，公安机关将依法对违反治安管理行为人给予处罚。
二. 进行伤情鉴定并依法追究责任
伤情鉴定：公安机关会安排进行伤情鉴定。
- 轻微伤：若构成轻微伤，属于治安案件范畴，可能面临治安处罚，如行政拘留、罚款等。根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第四十三条，殴打他人的，或者故意伤害他人身体的，处五日以上十日以下拘留，并处二百元以上五百元以下罚款；情节较轻的，处五日以下拘留或者五百元以下罚款。
- 轻伤及以上：若鉴定为轻伤及以上，则可能涉及刑事犯罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百三十四条，故意伤害他人身体的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制。致人重伤的，处三年以上十年以下有期徒刑；致人死亡或者以特别残忍手段致人重伤造成严重残疾的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。
对方有案底的影响：如果对方职工已有案底，即曾经有过犯罪记录，这将成为处理打架事件时的一个考虑因素。有案底的人员再次违法犯罪时，可能会受到更严厉的处罚，因为其屡教不改的行为表明其对社会秩序的更大威胁。
三. 民事赔偿协商
- 协商赔偿：无论是否涉及刑事责任，受伤一方都有权要求另一方承担民事赔偿责任，赔偿范围包括医疗费、误工费、护理费等。双方可以在公安机关的调解下进行协商，达成赔偿协议。
- 诉讼解决：如果协商不成，受害方可以向人民法院提起民事诉讼，要求对方赔偿因肢体冲突造成的损失。
四. 公司内部处理
- 依规处理：除了法律责任外，公司还应对涉事领导和职工进行内部处理。依据公司的规章制度和劳动合同约定，可以对涉事人员进行警告、记过、降职、开除等处分。
- 加强教育：公司应加强员工法制教育和职业道德教育，预防类似事件的再次发生。
五. 特殊情况考虑
- 工伤认定：如果冲突是因工作产生纠纷进而引发的，且受伤一方是在履行工作职责过程中受伤，那么根据《工伤保险条例》第十四条第（三）项，有可能被认定为工伤。但具体是否认定为工伤，还需根据案件的具体情况进行判断。
我的观点：在处理领导和有案底职工发生肢体冲突的事件时，应秉持公正、客观的原则，依法依规进行处理。同时，公司也应加强内部管理，完善规章制度，提高员工的法制意识和职业道德水平，以维护公司的正常秩序和员工的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。