结论：政府标准厂房租金权参股是否合法需分情况讨论，关键在于是否符合国有资产监管规定、是否履行法定程序以及是否损害公共利益。以下从法律角度展开分析：

1. 若以租金收益权作为出资参股，需满足国有资产评估与审批程序

• 根据《企业国有资产交易监督管理办法》及《国有资产评估管理办法》，政府以厂房租金收益权参股属于国有资产处置行为，必须履行资产评估程序，由专业机构对租金收益权的价值进行评估，并报同级财政部门或国资监管机构批准。
• 风险点：若未评估或评估价值显著偏离市场水平，可能构成国有资产流失，导致参股行为无效，相关责任人可能承担行政或刑事责任。

2. 若以厂房所有权折价参股，需区分产权性质与用途限制

• 若厂房属于政府划拨用地或公益性用途（如学校、医院），根据《城市房地产管理法》，此类房产不得直接用于商业投资。若需参股，需先变更土地用途并补缴土地出让金，否则参股行为违法。
• 例外情形：若厂房为政府出让用地且规划用途允许商业开发，则可通过作价出资方式参股，但需确保参股后企业用途符合规划要求。

3. 参股协议需符合公司法与合同法的强制性规定

• 参股协议应明确租金收益权的分配方式、参股比例、决策权等条款，避免因约定不明引发纠纷。例如，若协议约定“政府按租金收入比例分红”，需明确分红计算基数（如净租金收入）及支付时间。
• 风险提示：若协议条款违反《民法典》中关于“等价有偿”“公平原则”的规定（如政府单方面免除自身义务），可能被法院认定为显失公平而撤销。

4. 需防范利益冲突与公共利益损害

• 政府作为厂房所有者及监管者，若同时以参股方身份参与企业经营，可能涉及“既当裁判员又当运动员”的利益冲突。例如，在租金调整、厂房维修等事项上，政府可能偏袒自身利益而损害其他股东权益。
• 合规建议：可通过设立独立第三方监管机构、明确政府参股后的决策限制条款（如一票否决权范围）等方式规避风险。

行动建议：

1. 开展法律合规审查，重点核查资产评估报告、国资审批文件、参股协议条款；
   
2. 若涉及划拨用地，提前与自然资源部门沟通土地用途变更可行性；
   
3. 在参股协议中设置“公共利益保护条款”，明确政府在环保、安全生产等方面的监管职责。
   

如有具体案例或合同文本，可进一步提供细节，我将协助分析法律风险。