公企用房协议租金是否合法，需结合具体情况判断，但总体而言，只要协议内容不违反法律法规强制性规定，且租金标准合理，通常是合法的。以下从不同角度进行分析：
一、协议本身的合法性
协议签订主体：公企用房协议的签订主体应为具有相应民事权利能力和民事行为能力的法人或组织。如果协议双方均具备合法主体资格，且意思表示真实，不违反法律、行政法规的强制性规定，那么协议本身是合法的。
协议内容：协议内容应明确租赁房屋的用途、租赁期限、租金及支付方式、房屋维修责任等关键条款。只要这些条款不违反法律法规的强制性规定，且双方协商一致，协议内容就是合法的。
二、租金标准的合法性
市场租金水平：租金标准应参考当地同类房屋的市场租金水平。如果租金过高或过低，可能引发争议。但只要租金标准在合理范围内，且双方协商一致，就是合法的。
政府指导价或限价：在某些地区，政府可能对公企用房的租金实行指导价或限价。在这种情况下，租金标准应遵守政府的相关规定。如果协议租金超过政府指导价或限价，则可能被视为不合法。不过，这种情况较为少见，且通常会有明确的政策依据。
公平合理原则：租金标准应遵循公平合理原则。如果租金标准明显不合理，如远高于市场租金水平且无正当理由，可能被视为显失公平，从而影响协议的合法性。但这种情况需要具体分析，不能一概而论。
三、特殊情况下的合法性
政策性租赁：对于政策性租赁房屋，如公租房、廉租房等，租金标准通常由政府制定，且低于市场租金水平。在这种情况下，协议租金应严格遵守政府的相关规定，否则可能被视为不合法。
历史遗留问题：对于一些历史遗留的公企用房租赁问题，可能涉及复杂的产权关系和历史背景。在这种情况下，协议租金的合法性可能需要结合具体情况进行判断，并可能需要咨询相关部门或专业人士的意见。
四、法律建议
审查协议内容：在签订公企用房协议前，应仔细审查协议内容，确保协议条款合法、明确、无歧义。
了解市场租金水平：在确定租金标准时，应了解当地同类房屋的市场租金水平，确保租金标准合理。
遵守政府规定：如果政府对公企用房的租金有指导价或限价规定，应严格遵守相关规定。
咨询专业人士：如果对协议租金的合法性有疑问，建议咨询专业律师或相关部门，以获取更准确的法律意见。
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