事业单位员工被行政拘留后，纪委仍然会进行管理。具体来说，纪委的处理流程及可能采取的措施如下：

一、纪委的调查程序

当事业单位员工因违法行为被行政拘留时，纪委在得知情况后，会迅速启动调查程序。这一程序旨在全面、准确地了解事件的全貌，包括但不限于向公安机关了解详细案情、询问当事人、走访相关证人等。通过调查，纪委能够确保事实清楚、证据确凿，为后续的处理提供坚实基础。

二、纪律审查与处理措施

根据调查结果，纪委将依据党内法规和国家法律，对涉事员工进行纪律审查，并视情节轻重采取相应的处理措施：

1. 情节较轻且与工作无关：

   • 若行政拘留事由情节轻微，且与该员工的工作行为、职责履行无直接关联（如日常生活中的轻微交通违规），纪委可能会采取批评教育、诫勉谈话等较为温和的处理措施。这些措施旨在提醒员工注意自身行为，避免类似问题再次发生。

2. 情节较重或与工作有关联：

   • 若违法行为较为严重，或与其工作职责有直接联系，纪委将依据《中国共产党纪律处分条例》和《事业单位工作人员处分暂行规定》，视情节轻重给予相应的党纪处分和政务处分。党纪处分可能包括警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看直至开除党籍；政务处分则可能涉及警告、记过、降低岗位等级、撤职乃至开除。这些处分不仅影响受处分员工的岗位晋升和工资待遇，还可能对其职业生涯造成长远影响。

三、通报所在单位与管理措施

纪委在处理过程中，会将受处分员工的情况及时通报给所在单位或组织。这一举措旨在让单位及时了解员工状况，并据此采取相应的管理措施，如调整工作岗位、加强监督等，以维护单位的正常秩序和纪律。

四、合法权益保障与后续跟踪监督

1. 权益保障：在整个处理过程中，纪委将严格遵循公正、透明、合法的原则，充分尊重被拘留员工的申辩权和申诉权，确保其合法权益不受侵害。员工有权对处理结果提出异议，并要求纪委进行复核或申诉。

2. 后续跟踪与监督：处理决定作出后，纪委还会对受处理员工进行持续的跟踪和监督。这包括要求员工定期汇报思想和工作情况，以评估其对错误的认识和改正情况。同时，纪委还会通过廉政教育活动、案例分析等方式，加强对全体员工的法纪教育，防止类似问题再次发生。

法律建议：

• 对于被行政拘留的事业单位员工而言，应积极配合纪委的调查工作，如实陈述事实，争取从轻处理。
• 若对处理结果有异议，应及时提出申辩或申诉，维护自身合法权益。
• 在今后的工作和生活中，应严格遵守法律法规和单位规章制度，避免再次发生类似问题。

可能的法律后果：

• 若员工被给予党纪处分或政务处分，将影响其岗位晋升、工资待遇和职业生涯发展。
• 在严重情况下，员工可能面临开除党籍或开除公职的处分，这将对其未来产生深远影响。

因此，事业单位员工应时刻保持警惕，严格遵守法律法规和单位规章制度，以免因一时疏忽而付出沉重代价。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。