若调解书已生效，可通过以下途径处理：

1. 申请再审或启动审判监督程序
   根据《民事诉讼法》第207条，若调解书存在“违反自愿原则”或“内容违法”的情形，当事人可向法院申请再审。具体操作中，需在调解书生效后6个月内提交书面申请，并附证据证明还款事实未被扣除（如转账记录、收条等）。法院审查后若认定调解书确有错误，将裁定再审并重新审理。

2. 与对方协商补充协议
   若双方对还款事实无争议，可签订书面补充协议，明确调解书中未扣除的还款金额及后续履行方式。补充协议需双方签字盖章，并建议通过法院备案或公证增强效力，避免后续执行争议。

若调解书尚未生效，可采取以下措施：

1. 及时提出异议并申请修正
   在调解书送达前，若发现内容遗漏，可立即向法院提出书面异议，要求修正还款金额。根据《民事诉讼法》第97条，调解书经双方签收后生效，因此在签收前提出异议是关键。

2. 拒绝签收并要求重新调解
   若调解书内容与双方约定严重不符，可拒绝签收，并申请法院重新组织调解。此时需保留调解过程中的录音、书面记录等证据，证明还款事实已达成一致但未被写入调解书。

风险提示与建议：

• 执行阶段风险：若调解书已生效且未修正，对方可能依据调解书申请强制执行，此时需通过再审程序撤销或变更调解书内容，否则可能面临财产被查封、冻结的风险。
  
• 证据固定：无论选择哪种途径，均需第一时间固定还款证据（如银行流水、微信转账记录、收条等），并确保证据的真实性、关联性。
  
• 时效限制：申请再审的期限为调解书生效后6个月内，逾期将丧失救济权利，需严格把握时间节点。
  

操作步骤总结：

1. 确认调解书是否生效；
   
2. 根据生效与否选择再审/协商或异议/重新调解；
   
3. 固定还款证据并提交法院；
   
4. 跟进程序进展，必要时委托律师协助。
   

如有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我提问。