核心结论：针对您信用卡逾期还款后调解书中本金未扣除已还款金额的情况，您可以通过以下两种途径解决：一是与银行或调解机构协商修改调解书；二是通过法律程序申请更正。以下是具体分析：

1. 协商修改调解书
   首先，建议您立即联系银行或负责调解的机构（如金融纠纷调解中心），明确说明您已偿还三期款项的事实，并要求对方根据实际还款情况修改调解书中的本金金额。

   • 操作要点：
     
     • 保留还款凭证（如银行流水、转账记录、还款回执等），作为证明已还款的证据；
       
     • 书面提出修改申请（如邮件、信函），并要求对方书面回复，避免口头沟通无记录；
       
     • 若对方拒绝修改，可要求其出具书面说明理由，为后续法律程序做准备。
       

2. 通过法律程序申请更正
   若协商无果，您可向法院申请对调解书进行更正或提起确认之诉，要求法院重新认定本金金额。

   • 法律依据：
     
     • 根据《民事诉讼法》第2零八条，调解书违反自愿原则或内容违法的，当事人可申请再审；
       
     • 若调解书存在计算错误等明显瑕疵，法院可依职权或当事人申请裁定补正。
       
   • 操作步骤：
     
     1. 准备材料：调解书、还款凭证、协商记录等；
        
     2. 向作出调解书的法院提交《更正申请书》或起诉状；
        
     3. 法院审查后，若认定调解书内容有误，会裁定补正或启动再审程序。
        

风险提示：

• 若未及时处理，银行可能依据未修改的调解书继续主张本金及利息，甚至申请强制执行；
  
• 法律程序可能耗时较长，建议优先通过协商解决，以降低时间成本。
  

建议行动：

1. 立即整理还款凭证，联系银行或调解机构要求修改；
   
2. 若对方拖延或拒绝，尽快咨询律师并启动法律程序；
   
3. 后续还款时，注意在调解书中明确约定“还款后本金相应扣减”，避免类似纠纷。
   

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