关于您提出的“有永久性转让协议书且大队已盖章，但确权时甲方拒绝签字，通过诉讼能否顺利确权”的问题，以下是我的分析：

1. 协议书与大队盖章的法律效力：

   • 永久性转让协议书若内容合法、双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，则该协议书具有法律效力。
   • 大队作为相关管理部门或见证方的盖章，通常意味着对协议内容的认可或见证，但这并不直接等同于法律上的确权。确权通常需要依据相关法律法规，通过法定程序进行。

2. 甲方拒绝签字的影响：

   • 甲方拒绝签字可能表明其对转让协议存在异议，如认为协议内容不合法、不公平或存在其他争议点。
   • 甲方的拒绝签字并不直接导致协议无效，但可能成为确权过程中的障碍，因为确权往往需要所有相关方的同意或参与。

3. 通过诉讼确权的可行性：

   • 若协议合法有效且符合确权条件：您可以通过诉讼途径请求法院确认转让协议的效力，并进而请求确权。在此情况下，法院将审查协议内容、双方意思表示、是否违反法律法规等，若协议合法有效，法院可能会支持您的确权请求。
   • 若协议存在瑕疵或争议：如协议内容不合法、存在欺诈或胁迫等情形，或甲方能提出有效抗辩，则诉讼确权可能面临困难。法院可能会认定协议无效或可撤销，从而不支持您的确权请求。

4. 诉讼过程中的注意事项：

   • 证据收集：您需要收集并保存好与转让协议相关的所有证据，如协议书原件、大队盖章证明、双方沟通记录等。
   • 法律程序：遵循法定诉讼程序，如起诉、答辩、举证、质证等，确保您的权益得到充分保障。
   • 专业律师协助：鉴于诉讼的复杂性和专业性，建议您聘请专业律师协助处理，以提高诉讼效率和胜诉率。

5. 可能的法律后果：

   • 胜诉：若法院支持您的确权请求，您将获得法律上的确权，可以依法行使相关权利。
   • 败诉：若法院不支持您的确权请求，您可能需要重新考虑转让协议的效力或寻求其他法律途径解决争议。

建议您：在决定通过诉讼确权前，先对转让协议进行全面审查，确保其合法有效；同时，收集并保存好相关证据，为诉讼做好充分准备。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。