机构违法经营通常由工商行政管理部门、特定行业监管部门或公安机关管辖，具体取决于违法行为的性质和严重程度。以下是对这一问题的详细分析：
一、工商行政管理部门管辖
一般情况：工商行政管理部门是市场监管的主要部门，负责监管市场中的非法经营行为，如无照经营、超范围经营等。根据《无证无照经营查处办法》，工商行政管理部门有权对这类行为进行查处，包括责令停止违法行为、没收违法所得、罚款等。
实例说明：例如，小朱在未办理营业执照的情况下，于市场内开展服装销售业务，这属于无照经营。工商行政管理部门在日常市场监管中发现了小朱的非法经营行为，并决定对其进行查处，这是合法的。
二、特定行业监管部门管辖
特定行业：对于涉及特定行业的非法经营行为，如烟草、药品等，由对应的监管部门负责管辖。这些部门具有专业的监管能力和权限，能够更有效地打击特定行业的非法经营行为。
实例说明：小胡非法经营烟草制品，这应由烟草专卖局进行查处；小许非法经营药品，则应由药品监督管理部门进行查处。这些部门在各自的领域内具有专业的监管能力和执法权限。
三、公安机关管辖
涉嫌犯罪：如果非法经营行为涉嫌犯罪，且达到刑事立案标准，那么将由公安机关进行侦查。公安机关在侦查过程中，会收集证据、查明事实，并将案件移送检察院审查起诉，最终由法院进行审判。
实例说明：在非法经营案件中，如果行为人的经营行为严重扰乱了市场秩序，且情节恶劣，如未经许可经营专营、专卖物品，或者非法从事资金支付结算业务等，且数额巨大或情节特别严重，那么就可能构成非法经营罪，需要由公安机关进行立案侦查。
四、法律建议
遵守法律法规：机构在经营过程中应严格遵守国家法律法规，确保经营行为的合法性。避免无照经营、超范围经营等违法行为，以免受到行政处罚或刑事追究。
及时咨询专业律师：如果机构在经营过程中遇到法律问题或疑虑，应及时咨询专业律师。律师能够提供专业的法律意见和帮助，确保机构的经营行为符合法律法规要求。
配合监管部门工作：如果机构被监管部门查处或调查，应积极配合监管部门的工作。提供必要的资料和证据，协助监管部门查明事实真相。同时，也可以依法维护自己的合法权益。
机构违法经营的管理部门并非一成不变，而是根据违法行为的性质和严重程度来确定。因此，机构在经营过程中应严格遵守法律法规，确保经营行为的合法性。如有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。