经营管理违反法律法规时，主要由以下机构根据不同情况进行处理：

1. 市场监督管理部门
   若企业存在虚假宣传、不正当竞争、产品质量违法、无照经营等违反市场监管法律法规的行为（如《反不正当竞争法》《产品质量法》《公司登记管理条例》等），市场监督管理部门将依法进行查处，包括责令改正、罚款、没收违法所得、吊销营业执照等行政处罚。

2. 行业主管部门
   针对特定行业的违法行为，由对应的主管部门处理。例如：

   • 金融行业：银保监会、证监会查处违规经营、非法集资、内幕交易等行为；
     
   • 环保领域：生态环境部门处理超标排放、未批先建等环境违法行为；
     
   • 建筑行业：住建部门查处无资质施工、违规招投标等行为。
     行业主管部门可依据专项法律法规（如《银行业监督管理法》《环境保护法》《建筑法》）实施行政处罚或责令整改。

3. 公安机关
   若违法行为涉嫌犯罪（如非法经营罪、合同诈骗罪、污染环境罪等），公安机关将立案侦查，依法追究刑事责任。例如：企业长期销售假冒伪劣产品且数额巨大，可能构成“生产、销售伪劣产品罪”，由公安机关介入调查。

4. 税务部门
   针对偷逃税款、虚开发票等税务违法行为，税务机关将依据《税收征收管理法》追缴税款、加收滞纳金，并处以罚款；情节严重的，移送公安机关追究刑事责任。

5. 其他专项监管机构
   如国家安全部门、药监部门、应急管理部门等，分别对危害国家安全、药品安全、安全生产等领域的违法行为进行查处。

补充说明：

• 多部门联合执法：复杂案件可能涉及多个部门协同处理（如环保违法伴随税务问题，需生态环境部门与税务机关联合调查）。
  
• 行政处罚与刑事追责衔接：若违法行为同时触犯行政法规和刑法，行政机关会先将案件移送司法机关，待刑事程序结束后，再根据情况补充行政处罚。
  

若您遇到具体经营违法行为或需分析某类案件的处理机构，可直接向我咨询，我将结合案例细节进一步解答。