公司以绩效不达标全员扣工资，这一行为一般是不合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、合法性分析
劳动合同与规章制度：
- 根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资，除非存在特定情形，如法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费，代扣代缴个人所得税和社会保险费用等。
- 若劳动合同或公司规章制度中明确约定了绩效不达标时的扣工资办法，且该约定合法有效（即经过民主程序制定，向劳动者公示或告知），则扣工资行为可能合法。但扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。
扣减额度与程序：
- 扣减工资应在合理范围内，且需遵循正当程序。例如，提前告知劳动者扣工资的原因、标准和依据。
- 一个月扣工资不能超过当月工资的20%，且扣除后的剩余部分不得低于当地最低工资标准。
二、不合法情形举例
- 无明确约定或规章制度：若劳动合同或公司规章制度中未对绩效不达标时的工资扣减进行明确约定或规定，用人单位单方面扣除工资是违法的。
- 考核标准不明确或不合理：若绩效考核标准模糊不清或过高至无法实现，以此为依据扣减工资是不合法的。
- 考核过程不公正、不透明：若绩效考核过程存在偏见、考核数据不准确或不允许员工申诉等情况，基于这样的考核结果扣减工资也是不合法的。
- 扣减后工资低于最低标准：即使劳动合同或公司规章制度中有相关约定或规定，扣减后的工资也不得低于当地最低工资标准。否则，这种扣减行为是违法的。
三、劳动者权益保护
- 协商解决：劳动者可以与用人单位协商解决扣工资问题。
- 投诉与仲裁：若协商无果，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身权益。
四、具体建议
- 审查劳动合同与规章制度：劳动者应仔细审查劳动合同和公司规章制度，了解其中关于绩效不达标时工资扣减的约定或规定。
- 保留证据：若认为用人单位的扣工资行为不合法，劳动者应保留相关证据，如工资条、绩效考核表等。
- 及时维权：一旦发现用人单位存在违法行为，劳动者应及时采取措施维权，避免超过法定时效。
举例说明：假设某公司在劳动合同中未明确约定绩效不达标时的扣工资办法，也未在公司规章制度中进行规定。某月底，公司以全员绩效不达标为由扣减了所有员工的工资。这种做法因缺乏明确约定而属于违法行为。员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身权益。
综上所述，公司以绩效不达标全员扣工资的行为一般是不合法的。劳动者应了解自身权益并采取适当措施维护。若遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律帮助。