协商解除补偿金应按照应发工资来计算。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

• 《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
• 《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条：劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。

二、应发工资与实发工资的区别

• 应发工资：指用人单位依据国家有关规定或劳动合同的约定，以货币形式直接支付给本单位劳动者的劳动报酬，一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资等。
• 实发工资：即通常所说的现金收入，是扣除社保、公积金、个税等项目后的实际到手金额。

三、赔偿金计算基数的确定

根据上述法律规定，赔偿金的计算基数应为劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均应发工资，而不是实发工资。应发工资包含了劳动者在正常工作时间内的劳动报酬以及可能获得的奖金、津贴和补贴等，更能全面反映劳动者的收入水平。因此，在协商解除劳动合同时，赔偿金的计算应当以应发工资为基数。

四、实际案例与操作建议

在实际操作中，用人单位与劳动者在协商解除劳动合同时，应当明确经济补偿的计算基数，并确保该基数符合法律规定。如果双方对经济补偿的计算存在争议，可以依据相关法律法规进行协商或寻求劳动争议仲裁机构的帮助。

建议：在协商解除劳动合同时，劳动者应仔细了解自己的应发工资情况，并确保经济补偿的计算基数准确无误。如果用人单位提出的补偿方案不符合法律规定，劳动者有权拒绝并寻求法律援助。

综上所述，协商解除补偿金应按照应发工资来计算。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。