行政机关未认定违法建筑的情况下，法院一般不可以直接判决赔偿，但在特定情形下，法院可能会基于其他证据和事实作出赔偿判决。以下是对此问题的详细分析：
一、行政机关的认定职责
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条第二款的规定，市、县级人民政府在作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。这是行政机关的法定职责，旨在明确建筑物的合法性，从而决定是否给予补偿。
二、法院的判决原则
依法判决原则：法院在审理行政案件时，必须严格依照法律、法规的规定进行判决。在行政机关未对建筑物进行合法性认定的情况下，法院通常不会直接判决赔偿，因为这可能违反依法判决的原则。
证据充分原则：法院在作出判决时，必须确保有充分的证据支持。如果缺乏行政机关对建筑物合法性的认定，法院可能难以判断建筑物是否应给予补偿，从而无法直接作出赔偿判决。
三、特定情形下的法院判决
尽管在一般情况下，法院不会直接判决赔偿，但在某些特定情形下，法院可能会基于其他证据和事实作出赔偿判决。例如：
行政机关已委托评估且当事人无异议：如果行政机关已经委托评估机构对建筑物进行评估，并将评估结果送达当事人，且当事人对评估结果无异议，那么在建筑物未被认定为违法建筑的情况下，法院可能会参照评估报告确定补偿数额，并判决行政机关给予赔偿。这在本案例中有所体现，浑南区政府委托评估机构对案涉无证房及构筑物进行评估，并将评估结果送达金淑艳，金淑艳对评估结果无异议并自动搬迁后，法院参照评估报告确定了补偿数额。
建筑物因历史原因未办理登记或审批：对于因历史原因未依法办理产权登记或者未依法办理审批许可手续的建筑，如果行政机关未进行调查、认定和处理，但有其他证据表明建筑物应给予补偿（如建筑物实际存在、使用且未违反法律法规的强制性规定等），法院可能会综合考虑各种因素，作出赔偿判决。
四、法律建议
行政机关应依法履行职责：行政机关在作出房屋征收决定前，应依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理，并承担相关举证责任。这有助于明确建筑物的合法性，减少行政争议。
当事人应积极维护权益：如果当事人认为自己的建筑物应给予补偿，但行政机关未进行认定或拒绝补偿，当事人可以通过行政复议或行政诉讼等途径维护自己的权益。在诉讼过程中，当事人应提供充分的证据支持自己的主张。
法院应依法公正判决：法院在审理行政案件时，应严格依照法律、法规的规定进行判决，确保判决的公正性和合法性。同时，法院也应充分考虑各种因素，作出合理的赔偿判决。