法院认定一个合同中存在两笔定金是否合法，需结合具体情况分析，不能一概而论。以下从不同角度为您详细阐述：

1. 合同自由原则与定金约定

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，有权自由约定合同内容，包括定金的数额、支付方式等。因此，如果合同双方明确约定了两笔定金，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，法院通常会认定该约定合法有效。

2. 定金数额的限制

虽然合同双方可以自由约定定金，但《中华人民共和国民法典》第五百八十六条对定金数额作出了限制，即“定金的数额由当事人约定；但是，不得超过主合同标的额的百分之二十，超过部分不产生定金的效力”。这意味着，即使合同中约定了两笔定金，其总额也不得超过主合同标的额的百分之二十，否则超过部分将不被认定为定金，而可能被视为预付款或其他性质的款项。

3. 两笔定金的合理性

• 合理情形：在某些复杂交易中，如涉及多个阶段或多个部分的交易，合同双方可能为了保障不同阶段或部分的履行，而约定分别支付定金。这种情况下，两笔定金各自对应不同的履行义务，具有合理性。
• 不合理情形：如果两笔定金均针对同一履行义务，且总额超过主合同标的额的百分之二十，则可能被视为不合理。此时，法院可能会根据具体情况，对超过部分的定金不予认定，或者调整定金的数额。

4. 法院认定时的考量因素

法院在认定合同中两笔定金的合法性时，会综合考虑以下因素：

• 合同双方的约定：法院会首先审查合同中的相关条款，了解双方对定金的约定情况。
• 定金数额是否超标：法院会计算两笔定金的总额，并与主合同标的额进行比较，以判断定金数额是否超过法定限制。
• 交易习惯和行业惯例：法院可能会参考相关交易习惯和行业惯例，以判断两笔定金的约定是否符合行业规范。
• 公平原则：法院会考虑合同双方的利益平衡，确保定金的约定不会导致一方利益过度受损。

5. 法律后果

• 如果法院认定两笔定金合法：则合同双方应按照约定履行定金支付和返还义务。如果一方违约，另一方有权依据定金条款要求违约方承担相应的法律责任。
• 如果法院认定两笔定金不合法：则超过法定限制的定金部分可能不被认定为定金，而可能被视为预付款或其他性质的款项。此时，违约方可能只需返还该部分款项，而无需承担定金罚则的法律责任。

建议：在签订合同时，合同双方应明确约定定金的数额、支付方式及返还条件等事项，并确保定金数额不超过主合同标的额的百分之二十。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。